Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 916,968 | C→T | 10.6% | R166C (CGC→TGC) | ybjD → | DUF2813 domain‑containing protein YbjD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 916,968 | 0 | C | T | 10.6% | 108.3 / 3.4 | 45 | R166C (CGC→TGC) | ybjD | DUF2813 domain‑containing protein YbjD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/20); new base T (2/3); total (22/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 |
GGAAGACGGCAGCGTGATGACACTGCGCAGTTTTCTCGATAAAGACGGACATCCGATTGATGTCGAGGATATTAACGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAATCTCTCTGATGGGCAGATTCGTCAGGGACTTTCCGCAA > NC_000913/916829‑917106 | ggAAGACGGCAGCGTGATGACACTGCGCAGTTTTCTCGATAAAGACGGACATCCGATTGATGTCGAGGATATTAACGAGCAGGCACGCCATCTGATGCGTTACATTCCGGTGCTGCGCTTGAGTGATGCACGTTTTAGGCGcc > 2:891324/1‑143 (MQ=255) aCGGCAGCGTGATGACACTGCGCAGTGTTCTCGATAAAGACGGACATCCGATTGATGTCGAGGATATTACCGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTAtt < 1:10416/143‑1 (MQ=255) cAGCGTGATGACACTGCGCAGTTTTCTCGATAAAGACGGACATCCGATTGATGTCGAGGATATTAACGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATGCGTa > 1:3806/1‑143 (MQ=255) ttCTCGATAAAGACGGACATCCGATTGATGTCGAGGATATTAACGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCt > 1:741084/1‑143 (MQ=255) aagaagGACAGACGATTGATGTCGAGGATATTAACGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGaa < 1:240893/143‑1 (MQ=255) aaGACGGACATCCGATTGATGTCGAGGATATTAACGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGaa < 2:478354/143‑1 (MQ=255) cgACCTCCGATTGATGTCGAGGATATTAACGACCACGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCAc < 1:37110/142‑1 (MQ=255) aCATCCGATTGATGTCGAGGATATTAACGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCCAATGTCCCTAATTTGGACGTCCCcg > 2:32276/1‑143 (MQ=255) aCATCCGATTGATGTCGAGGATATTAAAGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCAGGTGCTGCGATTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGGATTCGTCACGGCACGGTGGCAAATGTGCCTAGTGTGGAAGTCAcca > 1:158103/1‑142 (MQ=255) tCCGATTGATGTCGAGGATATTAACGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTCTTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGTAAGTCACcgcac > 2:60536/1‑141 (MQ=255) tgATTGATGTCGAGGATATTAGCGGTCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCgcgcgc < 2:943149/142‑1 (MQ=255) aTGTCGAGGATATTAACGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTc < 1:1103741/143‑1 (MQ=255) tCGAGGATATTAACGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGTGCCGTATTCGTCACAACACACAGCGAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGAt > 1:466097/1‑143 (MQ=255) tCGAGGATATTAACGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGTGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCGAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGAt > 1:1038657/1‑143 (MQ=255) ttAGCGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGcc < 2:913441/143‑1 (MQ=255) tAACGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAACTGTCCCTCATGTGGACGTCACCGCGCGCCAGCTCGATCTCCTCcccc > 1:119577/1‑143 (MQ=255) tAACGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGccc < 1:353545/143‑1 (MQ=255) aaCGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCg > 2:106895/1‑143 (MQ=255) aGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTCTTCGTAACGGGCCGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCCGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTa > 1:254244/1‑143 (MQ=255) aGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCACATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCACCTCGACTTCCCCGCCCGGGAGTTa > 2:898903/1‑143 (MQ=255) aGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAAGCCCGGTGCTGCGCTTGCGTGACGCCCGTTTTATGTGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCTTCGCCCGTGAGTTa < 2:545197/143‑1 (MQ=255) gCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCGCCTGAGTTATc > 2:687656/1‑143 (MQ=255) gCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATc < 1:430280/143‑1 (MQ=255) ccATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTGTCCTcac > 1:273035/1‑143 (MQ=255) aTCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACAt < 1:589289/143‑1 (MQ=255) gTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAAt < 1:390177/143‑1 (MQ=255) gTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGCTACCCTCACATCCGCaaaac > 1:241382/1‑142 (MQ=255) tttAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCCAAAtc > 1:757919/1‑143 (MQ=255) tttAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAAtc > 1:1021830/1‑143 (MQ=255) tccaTGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAAtct < 1:612523/140‑1 (MQ=255) aaTGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCACCGTATTCGTAACGGCACGATGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCCCCACCTCTTCCACCTCTACTTACCCTCACATCCACAAAAtccca > 2:829048/1‑140 (MQ=255) tGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAATctctct < 1:165616/143‑1 (MQ=255) ccGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAAGCTCTCTGa > 1:935481/1‑143 (MQ=255) ggTGCTGCGCTTCCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGCGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAATCTCTCTGATg < 2:164131/143‑1 (MQ=255) gTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAATCTCTCTGATgg > 1:34969/1‑143 (MQ=255) tgctgcGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGTGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAATCTCTCTGATggg < 2:466097/143‑1 (MQ=255) tgctgcGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGTGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAATCTCTCTGATggg < 2:1038657/143‑1 (MQ=255) cgtgtgcTTGCGTGATGTCCTTTTTAGGCGCCGTCTCCGTACCGCCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGGCACTGCCCCCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCTGCAAAATCTCTCTGATGTGc < 2:379419/138‑1 (MQ=255) tgcGCTTGCGCGTTGCCCGTTTTATTCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAAGGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAATCTCTCTGATGGGCAg < 2:61202/143‑1 (MQ=255) gcTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAATCTCTCTGATGGGCAGAtt > 2:770874/1‑143 (MQ=255) cTTGCGTCGCGCGCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAATCTCTCTGATGGGCAGATTc < 2:1048813/143‑1 (MQ=255) tGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAATCTCTCTGATGGGCAGATTCGt < 1:859850/143‑1 (MQ=255) cGTGAGTCCCGGTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAATCTCTCTGATGGGCAGATTCGTCa < 2:14432/143‑1 (MQ=255) ttttATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCCCATCCGCACAATCTCCCTGATGGGCAGATTCGTAAGGGGCTTTCCg > 1:204419/1‑143 (MQ=255) tATGCTCCGGATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAATCTCTCTGATGGGCAGATTCGTCAGGGACTTTCCGCaa < 2:637340/143‑1 (MQ=255) | GGAAGACGGCAGCGTGATGACACTGCGCAGTTTTCTCGATAAAGACGGACATCCGATTGATGTCGAGGATATTAACGATCAGGCACGCCATCTGGTGCGTTTAATGCCGGTGCTGCGCTTGCGTGATGCCCGTTTTATGCGCCGTATTCGTAACGGCACGGTGCCAAATGTCCCTAATGTGGAAGTCACCGCGCGCCAGCTCGATTTCCTCGCCCGTGAGTTATCCTCACATCCGCAAAATCTCTCTGATGGGCAGATTCGTCAGGGACTTTCCGCAA > NC_000913/916829‑917106 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |