| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,413,966 | T→A | 5.6% | intergenic (‑39/+18) | ralR ← / ← recT | Rac prophage; endodeoxyribonuclease toxin RalR/Rac prophage; recombinase, DNA renaturation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,413,966 | 0 | T | A | 5.6% | 198.2 / 4.5 | 72 | intergenic (‑39/+18) | ralR/recT | Rac prophage; endodeoxyribonuclease toxin RalR/Rac prophage; recombinase, DNA renaturation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/37); new base A (2/2); total (33/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.60e-02 | |||||||||||
TTCGCATCCGTTACACTTCGCTCGGTAATATCCTGAAATGGCTTTCACCGTTACTGATGGA‑CAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTCATCCATTGATACTGCACGCTGGATCTCAATTGATACGGGC > NC_000913/1413826‑1414107 | ttCGCATCCGTTACACTTCGCTCGGTAATATCCTGAAATGGCTTTCACCGTTACTGATGGA‑CAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTa < 1:812544/143‑1 (MQ=255)ttCGCATCCGTTACACTGCGCTCGGTAATATCCTGAAATGGCTTTCACCGTTACTGATGGA‑CTACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTa < 1:558505/143‑1 (MQ=255) gCATCCGTTACACTTCGCTCGGTAATATCCTGAAATGGCTTTCACCGTTACTGATGGA‑CAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCCTAAAAAATATTTCAAGTTGACAGAGCATTacac > 1:680824/1‑143 (MQ=255) cGTTACACTTCGCTCGGTAATATCCTGAAATGGCTTTCACCGTTACTGATGGA‑CAACCACAAAATGGACATGGTTTAATATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGTAATGCACCGCCa < 1:697404/143‑1 (MQ=255) cGTTACACTTCGCTCGGTAATATCCTGAAATGACTTTCACCGTTACTGATGGA‑CAACCACAAAAGGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAACACTATTTCAAGTTCGCGGTGCATTACACCGccg > 1:1019089/1‑142 (MQ=255) gTTACACTTCGCTCGGTAATATCCTGAAATGGCTTTCACCGTTACTGATGGA‑CAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGTAATGCACCGCCaa < 1:887979/143‑2 (MQ=255) ttACACTTCGCTCGGTAATATCCTGAAATGGCTTTCACCGTTACTGATGGA‑CAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAgg > 2:278564/1‑143 (MQ=255) cTTCGCTCGGTAATATCCTGAAATGGCTTTCACCGTTACTGATGGA‑CAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGaa < 1:1006604/143‑1 (MQ=255) cTCGGCAATATTCTGAAATGGCTTTCACCGTGACGTACAGACCAATTACATAA‑GCGCATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAattatt < 2:1016114/143‑1 (MQ=255) 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2:113154/1‑143 (MQ=255) tGAAATGGCTTTCACCGTTACTGATGGA‑CAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATc < 2:575271/143‑1 (MQ=255) gAAATGGCTTTCACCGTTAATGATGGA‑CAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTAATAACTCATAATTTATCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTATGAATTaaag > 2:552113/1‑140 (MQ=255) aaaTGGCTTTCACCGTTACTGATGGA‑CAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATCAGACATATATCAAGTTGGCAGTACATTACACCGACAGGCTGAATAATTCCTCTGAATTATCGa > 1:630412/1‑143 (MQ=255) aaaTGGCTTTCACCGTTACTGATGGA‑CAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGa > 1:614655/1‑143 (MQ=255) gaTGGCTGTCACCGGTACTGATGGA‑CAACCACAAAATGGACATGGGTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGAt < 2:1017150/142‑1 (MQ=255) 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2:396384/1‑143 (MQ=255) tGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGc < 2:783094/143‑1 (MQ=255) tGGACATGGTTTAACATTGTCAGATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGc < 1:452598/143‑1 (MQ=255) tGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATc < 1:235732/143‑1 (MQ=255) ggTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGCATCTTCAG‑GATct > 2:787733/1‑142 (MQ=255) tttAACATTGTCATATCTCATAATTTTCCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCCGTGCGTTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGAt < 2:662935/143‑1 (MQ=255) 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1:702605/143‑1 (MQ=255) tatCTCATAATTTTTCTCATAAAAACTATCCATTTTTGTAGTTTCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTAAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTcc > 2:342493/1‑143 (MQ=255) tctcATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGCATTTTTAACCTTAATTATCGACTACACTGTAGTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCtt < 1:514524/143‑1 (MQ=255) tcATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATAAAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGGCAGTGGTTCCtttt > 1:384031/1‑143 (MQ=255) aTAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTCa < 1:278564/143‑1 (MQ=255) aTAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTAAACGGCCAGGATGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGGTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGGGGGTGCTTTTCa > 1:994610/1‑143 (MQ=255) 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2:33160/143‑1 (MQ=255) aTAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTCATCCATTGATACt < 1:884036/143‑1 (MQ=255) aaaaaTATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGGGGATCCTTTTCATACATTGGTACTGCa > 1:443004/1‑143 (MQ=255) tttCAAGTTGGCGGTGTATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTCATCCATTGATACTGCACGCTGGa > 2:378500/1‑143 (MQ=255) ttCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGCTTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTCATCCATTGATACTGCACGCTGGAt < 2:972653/143‑1 (MQ=255) ttCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTCATCCATTGATACTGCACGCTGGAt < 1:136297/143‑1 (MQ=255) gTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTACACGGCGAACAAAGAGGAATATGCAGAGAT‑GTCTTTCGGTGGTTCCTTTTCATCCATTGAAACTGCCCGCTGGATCTCaa > 2:784964/1‑143 (MQ=255) ctGGCGGTGTAATGCACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTCATCCATTGATACTGCACGCTGGATCTCAAt > 1:837509/2‑143 (MQ=255) tgtgggTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTCATCCATTGATACTGCACGCTGGATCTCAAtt < 2:974518/139‑1 (MQ=255) tGGCGGTGTAATGCACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTCATCCATTGATACTGCACGCTGGATCTCACtt > 1:488992/1‑143 (MQ=255) gttGCATTACTCCTCGAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTCATCCATTGATACTGCACGCTGGATCTCAATTGATa < 2:479258/141‑1 (MQ=255) gtaTTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTCATCCATTGATACTGCACGCTGGATCTCAATTGATACgg < 1:378500/141‑1 (MQ=255) aTTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTCATCCATTGATACTGCACGCTGGATCTCAATTGATACGGGc < 1:822850/143‑1 (MQ=255) | TTCGCATCCGTTACACTTCGCTCGGTAATATCCTGAAATGGCTTTCACCGTTACTGATGGA‑CAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAG‑GATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTCATCCATTGATACTGCACGCTGGATCTCAATTGATACGGGC > NC_000913/1413826‑1414107 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |