| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,647,873 | C→T | 7.1% | intergenic (‑23/‑61) | dicC ← / → dicA | Qin prophage; DNA‑binding transcriptional regulator for DicB/DNA‑binding transcriptional dual regulator DicA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,647,873 | 0 | C | T | 7.1% | 147.3 / 3.1 | 58 | intergenic (‑23/‑61) | dicC/dicA | Qin prophage; DNA‑binding transcriptional regulator for DicB/DNA‑binding transcriptional dual regulator DicA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/24); new base T (2/2); total (31/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
CGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTG > NC_000913/1647731‑1648012 | cgcgcgACCTTCGGGAACTAAATCCCCCTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGATGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTc < 1:561491/143‑1 (MQ=255) gcgccACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTACCACACCTTTATTGTTAGTCa < 2:942232/143‑1 (MQ=255) gACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTGTTGTTAGTCAtaac > 1:143529/1‑143 (MQ=255) ctgcGGGAACTAGATCCCCGCGCCAGCTACAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCAtaactaa < 2:1066780/140‑1 (MQ=255) cGGGAACTAGCTCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGCAGGCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACaa < 2:370123/143‑1 (MQ=255) ggAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAaga > 2:112056/1‑143 (MQ=255) ggAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAATCCTAACTAACaata > 2:187282/1‑141 (MQ=255) gAACTAAACCCCCTTTCCAGCTATAAAGCTAAGCCAAACGAAGACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAAAACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAagat < 1:118695/143‑1 (MQ=255) aaCTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTTATGACTAACaataaa < 1:394036/143‑5 (MQ=255) aaCTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCGGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAagata < 2:68630/143‑1 (MQ=255) aaCTAAACCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAagata < 2:891641/143‑1 (MQ=255) cTAAATCCCCTGTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAAGACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTTATGACTAACaataaagg < 2:113784/143‑7 (MQ=255) aaaTCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATg > 1:171447/1‑143 (MQ=255) aTCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCGTAATTAGTAAGATGTATGtt > 2:854624/1‑143 (MQ=255) cccTATCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAATGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAAc < 1:918076/143‑1 (MQ=255) 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1:588365/1‑143 (MQ=255) ccAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTa > 1:38822/1‑143 (MQ=255) ccAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTa > 1:375146/1‑143 (MQ=255) cAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTCTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAg < 1:113462/143‑1 (MQ=255) aaCGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGCTGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCa > 1:482399/1‑143 (MQ=255) ttagtgccTGCTGCTGGGTCAAGTTTAGTTTTGGAACCAAAAAACAAAAGAGCGTCATGTTTAAGCATTTAAAACACCTGTATTGTTAGCGATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCAtt < 2:946416/137‑1 (MQ=255) cGAATGCCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTCAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCAtt < 1:35474/143‑1 (MQ=255) gctTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATgg > 1:1075798/1‑143 (MQ=255) ttGTGCAAGTTTTGTATCTGAACAGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGaa < 2:292160/143‑1 (MQ=255) tgtgCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTCGCTAACTATGGaaa > 2:1082373/1‑143 (MQ=255) gtgCAAGTTTTTTTTTTGAACCGAAATACAAACGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATCCGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAAc > 2:1039872/1‑143 (MQ=255) cAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACaaa > 1:170502/1‑143 (MQ=255) gtgtgtGAAACGAAATATAAAAGTGCGTCAATTTTAAGCATTGAAAACACAGTTATTGTTAGTCATAAGTAACAAAATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTaa < 2:175944/138‑1 (MQ=255) tttttGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACGTGGTTGCTACAAACTAGCATTAGCTAAATATGGAAACAAAACATTTAAc > 2:230398/1‑143 (MQ=255) ttttGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTCACTATGGAGCCAAAAAATTTAACt > 1:843800/1‑143 (MQ=255) aaCCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGCTTTAGCATTAGCTAACTATGGACGCAAAAAATTTAACTATCgg > 1:562058/1‑143 (MQ=255) aaaTACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTc < 1:577348/88‑1 (MQ=255) aaaTACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTc > 2:577348/1‑88 (MQ=255) aaaTACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAAc > 1:902728/1‑143 (MQ=255) aaaTACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCGTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGTAACAAAAAATTTAACTATCGGCGaag > 1:520234/1‑142 (MQ=255) aTAGAAAAGAGCGGCAGTTTTAAGCATGTAAAACACCGTTATTGTTAGTCATAACGAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGc < 2:1059634/143‑1 (MQ=255) cAAAATAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATc < 1:757686/143‑1 (MQ=255) agagCGTCAGTTTTACGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTCACTATCGGAGAACGCATCAGGt > 2:931223/1‑143 (MQ=255) gTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACATATATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAAAAAAAAATTTAACTAACGGCGAACGCATAAGGTAtggt > 2:500000/1‑143 (MQ=255) tCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTAtcgtc > 2:906258/1‑143 (MQ=255) cAGTTGTAAGCAGTTAAAACACCTTGATTGTTAGTCAGAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTAtcgtcg < 1:112056/143‑1 (MQ=255) aGTTTTAAGCATTTAAAACATCTCTAGTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAAGACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCgg < 2:301551/143‑1 (MQ=255) gCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAACCCt > 2:769966/1‑143 (MQ=255) ttAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACACGTTAGATGTTAACAAAAACCTAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCaaa > 2:789658/1‑143 (MQ=255) aaaCACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAacac > 1:284616/1‑143 (MQ=255) aaCACCTTTATTGTTAGTCATAACTCACAAGATATATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAacaca < 1:459756/143‑1 (MQ=255) acacCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAacacac < 1:176707/143‑1 (MQ=255) tttATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCaaa < 2:199141/143‑1 (MQ=255) ttATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTCGACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAg < 1:749902/143‑1 (MQ=255) ttGTTAGTTATGACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATCGTGAATACGATATAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTCTCGTCGGACAAACCTCCAACACACCAAACGGtc > 2:788915/1‑143 (MQ=255) ttGTTAGTTATGACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGtc > 2:604133/1‑143 (MQ=255) ttAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACCATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTctct > 2:587463/1‑143 (MQ=255) aGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTg < 2:744389/143‑1 (MQ=255) aGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTg < 2:902728/143‑1 (MQ=255) | CGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTG > NC_000913/1647731‑1648012 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |