Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,883,027 | C→G | 5.5% | intergenic (+30/‑161) | dmlA → / → yeaV | D‑malate/3‑isopropylmalate dehydrogenase (decarboxylating)/putative transporter YeaV |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,883,027 | 0 | C | G | 5.5% | 195.3 / 2.7 | 68 | intergenic (+30/‑161) | dmlA/yeaV | D‑malate/3‑isopropylmalate dehydrogenase (decarboxylating)/putative transporter YeaV |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/28); new base G (2/2); total (37/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.50e-01 |
GCAGCAATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTACGCGTACGT > NC_000913/1882890‑1883167 | gcagcaATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAACATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCCGTTTATTTGCACCGCGTCACTGTcg > 2:365576/1‑143 (MQ=255) agcaATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGAcgcg > 1:468488/1‑143 (MQ=255) agcaATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCCCGTCACTGAcgcg > 2:822250/1‑143 (MQ=255) ttGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGACAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCAGTGACGCGGttca < 2:601821/143‑3 (MQ=255) tGAAGAAGTGATTGCTCACGTGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTACGGTCCAACCAGTTTATTTGAACCGCCTCACTGACGCGGgtttt > 2:911560/1‑143 (MQ=255) tGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGttttt < 1:702129/143‑1 (MQ=255) cgaaggaGGGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGAGATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGttttt < 2:43563/142‑1 (MQ=255) agaggTGAGTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTa < 1:892360/143‑1 (MQ=255) agaagTGATTGCTCACGGGCCGAACACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTCTTTTGCGTTAAGGTCAAACCCGTTTATTTGAACCGCGTCACTGCCGCGGATTTTTTa > 2:194964/1‑143 (MQ=255) tGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCtt < 1:848905/143‑1 (MQ=255) cTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTg < 2:517818/143‑1 (MQ=255) tCACGGGCCGAGAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGc < 2:203135/143‑1 (MQ=255) tCACGGGCCGAAAACACGTGATATGAAAGGCAATGCCACCGCGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATAATTTACCGTTAAGGTACGAGCGGGTTCTTTGAACCGCGTCACTGAAGCGGTTTTTTTATTGGTTGTTTGc > 2:663297/1‑143 (MQ=255) cACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCa < 1:1021032/143‑1 (MQ=255) aCGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAg > 1:786905/1‑143 (MQ=255) 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1:79968/143‑1 (MQ=255) cacCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGc < 1:667207/143‑1 (MQ=255) acCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCCAGCAAGTACGTCGAAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCg > 1:253930/1‑143 (MQ=255) acCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACGTGCg > 1:975189/1‑143 (MQ=255) acCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCg > 1:1086107/1‑143 (MQ=255) tGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATATGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGAAGTAAATAACCGACGTCa > 2:62785/1‑143 (MQ=255) 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2:13943/1‑142 (MQ=255) ccACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTc > 2:311103/1‑143 (MQ=255) cacaGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCg > 1:15704/1‑143 (MQ=255) gTTTCCGCCGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGATTTTTTTATTAGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACATTTTATTGTTTACGTTTCGAGttt > 2:344155/1‑143 (MQ=255) gCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGACCCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGGTCAATGCCGTAAATAACCTGCGCCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTCTTTTAt > 1:1098823/1‑143 (MQ=255) gCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTAt > 1:1094336/1‑143 (MQ=255) 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1:188158/143‑1 (MQ=255) aaaaTTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCt > 1:606889/1‑143 (MQ=255) aaaTTATTTTGCGTTAAGGTCAAGCCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCtt < 1:1073203/143‑1 (MQ=255) atcattTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTaa < 2:294340/140‑1 (MQ=255) tcttttGCGTTAAGGTCAAATCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAAtt < 2:104066/141‑1 (MQ=255) tattTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAAtt < 1:729445/143‑1 (MQ=255) tttGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGtt < 1:329096/143‑1 (MQ=255) tGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATATGAACCGCGTCACTCACGCGTTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAAGAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTa < 1:802080/143‑1 (MQ=255) cGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGATCCGTGTCATTGTCGTGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAAt < 1:143368/143‑1 (MQ=255) cGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCAGTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAAt < 1:693784/143‑1 (MQ=255) aaGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTAt < 1:592360/143‑1 (MQ=255) aaGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTAt < 2:362381/143‑1 (MQ=255) gTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTa > 2:795023/1‑143 (MQ=255) tCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTaa > 2:166744/1‑143 (MQ=255) tATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAAttt < 2:606889/143‑1 (MQ=255) aTTTGAACCGCGTCACTCTCGTGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAAtttt < 1:685792/143‑1 (MQ=255) tttGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTCACATGCAAATTTTg > 1:87075/1‑143 (MQ=255) 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1:385178/143‑1 (MQ=255) ccGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATATCCTGCGTCATTTCTCCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTAcgc < 2:721520/143‑1 (MQ=255) cgcgTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTAcgcg > 2:329492/1‑143 (MQ=255) taCTGGCGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATATCCTGCGTCTTTTCACCTTTTATTGTTTCCGGTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTACGCGTACGt < 2:280220/142‑1 (MQ=255) | GCAGCAATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTACGCGTACGT > NC_000913/1882890‑1883167 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |