| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,089,854 | A→T | 6.9% | intergenic (‑141/‑142) | yefM ← / → hisL | YefM antitoxin of the YoeB‑YefM toxin‑antitoxin pair and DNA binding transcriptional repressor/his operon leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,089,854 | 0 | A | T | 6.9% | 163.6 / 4.9 | 59 | intergenic (‑141/‑142) | yefM/hisL | YefM antitoxin of the YoeB‑YefM toxin‑antitoxin pair and DNA binding transcriptional repressor/his operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/25); new base T (2/2); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-02 | |||||||||||
ATGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACTTTTA > NC_000913/2089712‑2089996 | attttaaTTTCCTCTTTTGTACAGTGCATTTCACAAAAAAGAGCGTGAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACa < 1:748673/138‑1 (MQ=255)aTGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACa > 2:577180/1‑143 (MQ=255) gTCAATCTCCTCTTTTGGACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACGGt > 1:1026584/1‑143 (MQ=255) aaTCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCct > 2:504680/1‑143 (MQ=255) 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1:814805/143‑4 (MQ=255) aCAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAATTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCcctccat > 2:576335/1‑141 (MQ=255) ttGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCt > 1:964710/1‑143 (MQ=255) ttGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCt > 1:1071767/1‑143 (MQ=255) tGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtc > 2:489992/1‑143 (MQ=255) cAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtcattc > 1:591312/1‑143 (MQ=255) 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1:369586/143‑1 (MQ=255) tggcAGAGAGACGAAAACCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAAc < 1:438925/140‑1 (MQ=255) tGTCAGTGAGACGAGTTGCCATGCGTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAAc < 2:1009690/143‑1 (MQ=255) aGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCTCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGa > 1:512512/1‑143 (MQ=255) tGAGACGAAAACCCCGGCTCCGCGATCTTTTCTGCCAGCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGaaa < 2:267204/143‑1 (MQ=255) aCGAAAATCCAGGCTGCGCTATTTTTGGTCCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAACCCCCTCCATTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCAAAACAACTATAAAAAAGCACCTGCTTTCTAACGACAAACTgg > 2:737063/1‑143 (MQ=255) 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1:343423/1‑143 (MQ=255) aGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCGTTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATCTATAAAAAAGCCCTTGATTTCTAACGTGAAAGTGGCTCAGGTTaa > 2:197635/1‑143 (MQ=255) gCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTaaaa < 2:561462/143‑1 (MQ=255) cGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACa < 1:870505/143‑1 (MQ=255) cGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACATGAAAGTTGTTTAGGTTAAAAGACa > 1:846481/1‑143 (MQ=255) gCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTCCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACAt > 1:559764/1‑143 (MQ=255) 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1:878775/143‑1 (MQ=255) cTAAGAGGCCAGGGTGCTTAGCCCCCCCCTTTCACCGCTTATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAAGATATAAAAAAGCGCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTcaca < 2:1067333/143‑1 (MQ=255) cTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCAATCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTcaca < 2:12558/143‑1 (MQ=255) tAAGAGGGCTGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACag > 1:1029735/1‑143 (MQ=255) tAAGAGGACTGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTAATTAAACAAAACCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACag > 1:758554/1‑143 (MQ=255) tAAGAGGACACTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACag < 1:320031/143‑1 (MQ=255) 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2:47738/143‑1 (MQ=255) | ATGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACTTTTA > NC_000913/2089712‑2089996 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |