Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,309,009 | C→T | 8.9% | intergenic (‑85/+24) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polynucleotide phosphorylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,309,009 | 0 | C | T | 8.9% | 145.2 / 5.9 | 59 | intergenic (‑85/+24) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polynucleotide phosphorylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/28); new base T (2/3); total (27/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.54e-01 |
CATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTT > NC_000913/3308869‑3309146 | cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCcgccgc > 2:811292/1‑143 (MQ=255) tGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACACGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCgg > 2:89890/1‑143 (MQ=255) gCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGa < 1:813050/143‑1 (MQ=255) gCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGa < 1:549209/143‑1 (MQ=255) aGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCTCCGCTGCGGCgggggg < 2:565162/143‑1 (MQ=255) aGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCTCCGCTGCGGCgggggg < 2:585035/143‑1 (MQ=255) gCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCTCTCCCGATGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCTCCGCTGCGGCGGGGGGc < 2:88979/143‑1 (MQ=255) gCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGc > 1:1050841/1‑143 (MQ=255) tacgTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCaaa < 2:635690/140‑1 (MQ=255) tAAGTGCTGTCGCAACGAAAAACAAGCGAAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCaaa < 2:294894/143‑1 (MQ=255) tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGACGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAGGCCCCCCGCCGCAGCGGCGGGCACATGGCCACCt > 2:973558/1‑143 (MQ=255) tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTACCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCt > 2:901565/1‑143 (MQ=255) cGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGACAGccgt > 1:215983/1‑141 (MQ=255) aaCGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAACGCACCCCGCCGCCGCGGATGGCACATGCTAACCTTAcc > 2:438245/1‑142 (MQ=255) aaaCCCCAGCGCAGAACAGTCTTCATTTCTCCCTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc < 2:828773/143‑1 (MQ=255) ccacCAGCGCACCACAGGCGTCATTTCCCGCTCCCGAAGCCCACGGTTGAATGAAGGTCCTGTTCCCGGTTGTTAACCAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCt < 2:1008411/142‑1 (MQ=255) acgaGCGCAAAAAAGGCTTCATGTCACACTCCCGAGTACCACGGTTCAATGAACGTCCTGTTGCCGGTGGCTAACGAGACGGACTGACCGGGTAAAAGCCCCCGGCCGGAGCGGAGGGCACATGGCACCCTTAACCGCCCAGt > 2:136156/4‑143 (MQ=255) ccAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAAAAAGGCGTCCTGCCCGGGTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAGGGGCAACCTTACTGGCCCTGtt > 1:23525/1‑143 (MQ=255) cgcAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTcagc > 1:206053/1‑143 (MQ=255) cAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTcagcag > 2:766916/1‑143 (MQ=255) aaaaaaGGCTTCATGTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCagcagc < 2:1006876/143‑1 (MQ=255) agagtggCTTCCTTTCCCCCTCCCGAAGACCACGGTGGCATGAACGTCCTGTGCCCGGTTGCTAACAAGGCGCCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAGTGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGcc < 2:378786/138‑1 (MQ=255) aaaaaTGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGcc < 2:979517/143‑1 (MQ=255) aaaaGGCTTCATTTCCCCCTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCg < 1:1038129/143‑1 (MQ=255) aaaGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCgg < 1:436346/143‑1 (MQ=255) tCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTCAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCCAGTGGCCACCTTACTCGCCCGGTTCAGCAGCCGGAGccccc > 1:295679/1‑139 (MQ=255) ttCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtg < 2:1085534/143‑1 (MQ=255) tCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtgc < 2:841580/143‑1 (MQ=255) ccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGCGCTTCCGGtgccg > 1:679557/1‑141 (MQ=255) cACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACCCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCCTCCGGtgctgc > 2:959313/1‑143 (MQ=255) aCTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAACCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgca > 2:1056939/1‑143 (MQ=255) ccGAACACCACAGCAGAATGAACGACCTGTCTCCGGTTGCAAACAAGGAGTCCAGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGcagcag < 1:590323/143‑1 (MQ=255) cGAAGACCACGGTTCAATGCACCTCCTGTTCCCGGTGGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAgg < 2:927956/143‑1 (MQ=255) cctctaCGGCTGCATGAACGTCGCGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCGGGTTAAAGGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCATCCTTACTCGCTCTCTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTg < 2:216647/138‑1 (MQ=255) ggTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGc > 1:116598/1‑143 (MQ=255) tgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGCCg > 1:771705/1‑143 (MQ=255) aCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCCGCGGAGGGCACATGGCGACCTTACTCGCCCTGTTCACCAGCAGGAGCTTCGGGTGCAGCAGCAGGCTGAGACTGCACAGTCGcgt > 2:595456/1‑141 (MQ=255) tgtcctcGGTTGCTCACGAGGCGTCCTGCCCGGTTAACAGCCCCCCGNCGCAGCGGAGGGCAAATGGCACCCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTaa < 2:215983/137‑1 (MQ=255) gtgcccGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGACCTTCCGGCGCTGCAGCAGGTAGAGACTGCTCAGTCGCCTCCTTAAt > 2:1060545/4‑143 (MQ=255) gTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAAt < 2:217177/143‑1 (MQ=255) ttgccGGTTGCGAACAAGGCGCCCCGCCCGGTCAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCACCCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGTAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATg < 1:111739/140‑1 (MQ=255) ttCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAACAGCGCCGGTGCTCTGCCTATTTTGATTTCAGGCCTGCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATg < 1:811292/143‑1 (MQ=255) cccGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 1:707244/143‑1 (MQ=255) cccGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 2:943314/143‑1 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGa < 1:1059273/143‑1 (MQ=255) tAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATAGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCCGAGACGGAt > 1:628072/1‑143 (MQ=255) cAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACg > 2:955310/1‑143 (MQ=255) aaaGGCAGCCTGCCGGGTAAAAAGCCCACCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCGTACTTTCTCTCTTTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACg < 1:252968/142‑1 (MQ=255) ggCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGcc < 2:147890/143‑1 (MQ=255) cGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGCCGGATACGGCCCt > 2:60798/1‑143 (MQ=255) gTCCTGCACGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCGTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGTCTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTg > 1:4116/1‑143 (MQ=255) tGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGa < 1:901565/143‑1 (MQ=255) tccGGTTAAAAGCCTCTCGCGGCAGGGGATGTCAAATGGCATCCTTAGTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTTGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACTGCCCTGGCGATc < 2:935478/142‑1 (MQ=255) cccGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATc > 1:898017/1‑143 (MQ=255) catttgCCCTCCGCTGCGGCGGGGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGGCGGCTACGGCCCTGGCGAGCAACTTc > 1:46026/6‑143 (MQ=255) caacaGCCCCCCGCCGCAGCGGAGCGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTGGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTc < 2:813574/139‑1 (MQ=255) aaaGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCa > 1:41456/1‑143 (MQ=255) aGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGa < 1:766916/143‑1 (MQ=255) ccctccGCTGCGGCGGGGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCCGAAc > 1:908457/1‑143 (MQ=255) cccGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGCCGACTCTTTAATGCTCAGGCGGCACCGGCCCCGGCCATCCACCTCCAGACCttc > 2:952578/1‑142 (MQ=255) | CATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTT > NC_000913/3308869‑3309146 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |