New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 257908 = | NA (NA) | 42 (0.990) | 38/280 | 0.1 | 100% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
? | NC_000913 | = 1293039 | 0 (0.000) | intergenic (‑117/‑488) | hns/tdk | DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine/deoxyuridine kinase |
TTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGAC > NC_000913/1292897‑1293179 | ttCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTgccg > 2:148228/1‑143 (MQ=255) tCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGg > 1:708123‑M2/1‑142 (MQ=255) aGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAGTTGTTCTTTATTTCGTGCCGggt < 2:732379‑M2/143‑4 (MQ=255) agtttaaGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCACAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaat > 2:706787‑M2/3‑137 (MQ=255) aTTTTAAGTGCTTCGATCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaat > 1:746824‑M2/1‑137 (MQ=255) ttCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAACATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaactt < 1:34248‑M2/143‑18 (MQ=255) cGGTCATTGTAGTAATTCCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGTAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttat > 1:10281‑M2/1‑124 (MQ=255) gCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGAGGATTGTGGAGTTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttatt > 1:324844‑M2/1‑123 (MQ=255) gCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGCTGGTTTGCTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAAAAATGCAATAGACAGGAATGTAAGGAATTCAAAAATGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaactgatt < 1:339170‑M2/143‑21 (MQ=255) gCTCATTGTAGTAATCTCAAACTCATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttatt > 2:172369‑M2/1‑123 (MQ=255) aTTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaaggactccaacttattgata < 1:497146‑M2/143‑25 (MQ=255) tcAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt < 1:567078‑M2/143‑37 (MQ=255) aaaCTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatggtca < 2:562332‑M2/143‑39 (MQ=255) aaCTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag > 2:422067‑M2/1‑104 (MQ=255) ggtggtTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgat > 1:155166‑M2/1‑92 (MQ=255) gtTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgact < 1:503691‑M2/143‑56 (MQ=255) tttGTTGAGGGAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactt > 1:308336‑M2/1‑87 (MQ=255) gtggtgaGGTAATAATAGAGCCTTAACTTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGCAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgacttt > 2:461254‑M2/2‑86 (MQ=255) ttgAGGTAATAATTGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAATATTGTTTTTTTTTTTGTGCCGggtaatgactccaacttatggagagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtc > 1:156773‑M2/1‑83 (MQ=255) ttgAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtc > 1:734887‑M2/1‑83 (MQ=255) aGGTAATAAGAGAGGCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAGTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgtgttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatg > 2:685803‑M2/1‑80 (MQ=255) ggTAATAATAGGTCCTGAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgc > 2:276781‑M2/1‑79 (MQ=255) taataGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctc > 1:156769‑M2/1‑74 (MQ=255) ataGAGGCGTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTGTAGTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatggtcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctcca > 2:127200‑M2/1‑72 (MQ=255) taGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAAGAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccac > 1:117030‑M2/1‑71 (MQ=255) agagCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccacc < 2:627595‑M2/143‑74 (MQ=255) agCCTTCAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaccttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccga > 2:701774‑M2/1‑68 (MQ=255) ctgaatatcaggtgtGCAATAGCTAGTAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTGTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattt > 2:43932‑M2/8‑65 (MQ=255) cTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattt > 1:627595‑M2/1‑65 (MQ=255) cTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATGTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgtatgatgttcagataatgcccgatgactttgtcagtgcgctccaccgcttt < 1:47384‑M2/143‑79 (MQ=255) aaaTTCAGTTGTGCAATAGCCAGCAATGTAAGGAATTCAAACTTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttga > 2:396206‑M2/1‑62 (MQ=255) tttcAGTTGTGCAATAGCCAGGAGTGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgaga > 2:69636‑M2/2‑60 (MQ=255) cAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccctcttctttataccgttttctgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgac > 1:361685‑M2/1‑49 (MQ=255) cAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgactt > 2:154031‑M2/1‑42 (MQ=255) cAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgactt < 1:154031‑M2/138‑97 (MQ=255) aaTGCATAGTTGTTCTTTCTTTTGTGCCGggttatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccag > 2:367617‑M2/1‑29 (MQ=255) aaaTTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctg > 2:581523‑M2/1‑23 (MQ=255) ttGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgccttccgtccccgccgtgccaggggctgccc < 2:448629‑M2/143‑124 (MQ=255) tGTTCGTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgtgttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctc > 2:34248‑M2/1‑19 (MQ=255) gTTCTCTATAGGGTGCCGggtaatgactccaacttgtggatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctca > 2:577873‑M2/1‑18 (MQ=255) tttATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagatactgcccggtgactttgtcggtcagctccaccgattttgtgaacgccagcgacttccggcccggccgggccaggtgccgcctcagctg < 2:650098‑M2/143‑130 (MQ=255) aTTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattcag > 1:444562‑M2/1‑11 (MQ=255) ccGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgcgaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattcaggttatgcc < 2:619674‑M2/143‑141 (MQ=255) | TTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGAC > NC_000913/1292897‑1293179 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |