| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,731,689 | C→T | Q187* (CAA→TAA) | xylF → | xylose ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,731,689 | 0 | C | T | 97.5% | 116.6 / NA | 40 | Q187* (CAA→TAA) | xylF | xylose ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (16/23); total (17/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGGTTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCG > NC_000913/3731554‑3731826 | gATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCAGCAGATAACAGCGCCAACCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACTAATGGGt < 1:487607/143‑1 (MQ=255) tatTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGCAAGTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACTAATGGGCTg > 1:400116/1‑143 (MQ=255) ttGTTCCGCTAGGTAATTCCTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGCACAAATGAAAGTGTTAAAGCCTTACGTTGATTCCGTAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACTAATGGGTTGAt < 2:234994/143‑1 (MQ=255) gTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACTAATGGGTTGATgg > 1:324464/1‑143 (MQ=255) 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1:500729/143‑1 (MQ=255) gcTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACTAATGGGTTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATg < 1:498979/143‑1 (MQ=255) aacacGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACGGCTCACAGCTGAAAAACCCTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACTAATGGGTTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAAcc < 1:142296/140‑1 (MQ=255) aacGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTTACGTTGCTTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACTAATGGGTTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAGATTATGGAAAACGCGCTAACCGc > 2:165911/1‑143 (MQ=255) aacGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGATGGTGACTAATGGGTTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGc < 1:638060/143‑1 (MQ=255) tGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACTAATGGGTTGATGGCTGGTTACCGGAGAACGCATTGAAAATTCTGGAAAGCGCGCTAAGCGCACAGAATAAc > 1:505275/1‑143 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |