| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,764,427 | G→A | intergenic (‑41/+286) | sufA ← / ← rydB | iron‑sulfur cluster insertion protein SufA/small regulatory RNA RydB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,764,427 | 0 | G | A | 98.2% | 163.0 / NA | 56 | intergenic (‑41/+286) | sufA/rydB | iron‑sulfur cluster insertion protein SufA/small regulatory RNA RydB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (27/28); minor base C (1/0); total (28/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAG > NC_000913/1764291‑1764566 | caccaGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATCCTAGta > 2:584721/1‑142 (MQ=255) accaGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGa < 1:360588/143‑1 (MQ=255) gcgcACGGATGGTTACCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAAt < 1:313152/140‑1 (MQ=255) cTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATg > 2:18511/1‑143 (MQ=255) tCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGGTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGa < 1:708626/143‑1 (MQ=255) cGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTa > 1:522127/1‑143 (MQ=255) gATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATc < 2:336825/143‑1 (MQ=255) gATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATc < 2:336304/143‑1 (MQ=255) ctATCGTCGCTGCGGGTGGCAGCGTTAAGCCTTGCCACGCGACCTCTTGTGGGTTGGAGGTTACTGAATGCACGTCCATCGATTTACCTCACTTCAGCGCTATCAGCGCATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTc < 2:199009/142‑1 (MQ=255) cgccgcTGCGGGTGTCAGCGTGAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCCATTGACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAAcc < 1:489943/143‑1 (MQ=255) gggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCTGCGTATCACAGCCTATTAGTGATGATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACg > 1:217950/1‑143 (MQ=255) tgtCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAATGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAg < 2:700477/143‑1 (MQ=255) tgtCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAg < 1:158348/143‑1 (MQ=255) aGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGc > 2:734550/1‑143 (MQ=255) aGCGTTAAGCCCTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGc < 1:719810/143‑1 (MQ=255) aaGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTAcc < 1:537642/143‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGCTCCGGCATACAGGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCGCTCAGCGTCTAACAGAATATCAGTGATAATGATGATCAGTTCACCACCGCCAACGCAGGGGCATTACAGt > 2:560558/1‑143 (MQ=255) ccTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTa < 1:18511/143‑1 (MQ=255) gCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGA‑TTACCTCAATTCATCGCTTTTAGCGTATAACAGGATATTAGGGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGGAGGGGGTTTACCGTT‑‑A‑AACa > 1:498568/1‑143 (MQ=255) aGGCGAAATCTTGTGTGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCACCCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATg < 1:745645/143‑1 (MQ=255) aGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATg < 1:338370/143‑1 (MQ=255) cGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGC‑TTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCttt < 1:67565/143‑1 (MQ=255) gtcggTTAAAGGTTCCTGGAGGCATCTCCACCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTGAGCGTCTAACAGCACATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCCGCCACCGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGc < 2:151507/140‑1 (MQ=255) tgGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGCTTTACCACACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCt > 1:536884/1‑143 (MQ=255) gTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTCTAAAAGCGTATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑GACATGCTTTTTGCTTGCtttt > 1:110718/1‑143 (MQ=255) tAAAGGGTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTtaa < 1:403935/143‑1 (MQ=255) ggctCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAg < 2:706220/140‑1 (MQ=255) ccTGAATGCATGGCCATCGATGTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATa < 1:215175/143‑1 (MQ=255) tGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTCCCGTA‑‑A‑AACATGCTCTTTGCCTCCTATCACTAAGCATAGa > 1:469437/1‑143 (MQ=255) tGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACGGTA‑‑A‑AGCATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATatg > 1:395088/1‑141 (MQ=255) gAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATCACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGAc > 1:654905/1‑143 (MQ=255) tGCAGGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACGCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCt < 1:24661/143‑1 (MQ=255) gCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATCATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTg > 1:346610/1‑143 (MQ=255) gCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTg > 2:52650/1‑143 (MQ=255) tCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAg < 2:756000/127‑1 (MQ=255) tCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAg > 1:756000/1‑127 (MQ=255) cATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTCCtgtgcg > 2:489190/1‑141 (MQ=255) cATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTCTTAATCAGCATAGAACCTGAcgtgtg > 2:337160/1‑143 (MQ=255) cATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACAGGCTGTTTTTCTGCTTTTAATAAGCATAGACGCTGAtgctta > 2:333143/1‑139 (MQ=255) aTCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTGTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTgg > 1:135043/1‑143 (MQ=255) cTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGc > 1:664626/1‑143 (MQ=255) cTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGc < 2:331773/143‑1 (MQ=255) cTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGAGTGGGCTACCAGGc > 2:665889/1‑143 (MQ=255) tCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCAAATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCa > 1:481287/1‑143 (MQ=255) tCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTCTTAGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGa > 2:467867/1‑143 (MQ=255) ccGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTCCACCCCAGCAAACGCTGGAGCTTAACCGTACTG‑CCCCTGGGCTTT‑‑TTGCTTTTAATCAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGa < 2:346352/142‑1 (MQ=255) tttCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATTATTATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGTGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTa < 2:295489/143‑1 (MQ=255) ttCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAg < 2:522127/143‑1 (MQ=255) ttCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGT‑‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAgg > 2:369614/1‑143 (MQ=255) aGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGGATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTa > 1:530710/1‑143 (MQ=255) tataACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCt < 2:470797/84‑1 (MQ=255) tataACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCt > 1:470797/1‑84 (MQ=255) cAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGt > 1:23421/1‑143 (MQ=255) aGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCgttgtt > 1:108822/1‑143 (MQ=255) gCATATTAGTGATGATGATTATCAGTGCAACCCTGCAAACGCAGGGGCTTTA‑CGTA‑‑ACCACACGGATAGTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTa < 2:192406/143‑1 (MQ=255) cATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAg < 1:52650/143‑1 (MQ=255) | CACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTA‑‑A‑AACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAG > NC_000913/1764291‑1764566 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |