Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 481,228 | C→A | 10.5% | intergenic (‑520/+26) | tomB ← / ← acrB | protein that modulates Hha toxicity/multidrug efflux pump RND permease AcrB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 481,228 | 0 | C | A | 10.5% | 110.2 / 7.7 | 48 | intergenic (‑520/+26) | tomB/acrB | protein that modulates Hha toxicity/multidrug efflux pump RND permease AcrB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/22); new base A (2/3); total (23/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.14e-02 |
TTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGAACGAAGAAGATTGCCAGTACCGTTGCG > NC_000913/481092‑481365 | ttAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCGTAAGCGGcc < 1:781360/143‑1 (MQ=255) aaTATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCGTAAGCGGCCtt < 1:450959/143‑1 (MQ=255) atatAAATGAACTAACACTCAGTATTTTTTATGAATTTGATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGTGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTa < 2:119586/143‑1 (MQ=255) tataAATTAACTAACAATCAGTATTCTCAATGAAGCTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCGTAAGCGGCCtttt < 1:769355/143‑3 (MQ=255) 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2:147873/143‑1 (MQ=255) tCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCt < 1:776478/143‑1 (MQ=255) cGTGGTTACTACTGGTTTGCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCtgt < 1:233447/143‑1 (MQ=255) cGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCtgt < 1:800848/143‑1 (MQ=255) tGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGAGCGACAGGATGGCTGTGc > 1:320711/1‑143 (MQ=255) gTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCta > 1:59087/1‑142 (MQ=255) 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2:725613/1‑143 (MQ=255) gTATGAGATCCTTGGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTg < 2:538308/143‑1 (MQ=255) tATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGc < 1:271497/143‑1 (MQ=255) aTGAGGTCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGGTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCg < 2:331715/143‑1 (MQ=255) tGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCgg < 1:340141/143‑1 (MQ=255) tGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTGACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCgg > 1:732085/1‑143 (MQ=255) 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2:459567/1‑143 (MQ=255) cTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCGATGGTGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGACATCTTCCTTCTTGCGGCTAAAGAGCAGGCGAGCCACCACGAAGAAt > 2:311929/1‑143 (MQ=255) tAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATAc < 2:513448/143‑1 (MQ=255) gtgtgCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCg < 2:125305/142‑1 (MQ=255) aTGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCg < 1:546953/143‑1 (MQ=255) ttCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGAGAACCACCACAAAGAATACCGGaa > 1:451052/1‑143 (MQ=255) 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1:746195/2‑143 (MQ=255) ccGCTTACGCGGCCTTAGTGATGACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATCTCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCCCCACAAAGAATACCGGAACGAGGAAGACGGCCAGAACCgcag > 2:217898/1‑140 (MQ=255) gcgtACGCGGCAGGAGTGATTCTGCGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGAACGAAGAAGATTGCCAGTACCGTTGCg < 2:103633/140‑1 (MQ=255) gCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGAACGCAGCACGTCGCCAGGACCGCTGCg > 2:760768/1‑143 (MQ=255) gCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGAACGAAGAAGATTGCCAGTACCGTTGCg < 1:90555/143‑1 (MQ=255) gCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGAACGAAGAAGATTGCCAGTACCGTTGCg < 1:428460/143‑1 (MQ=255) | TTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAAAGAATACCGGAACGAAGAAGATTGCCAGTACCGTTGCG > NC_000913/481092‑481365 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |