| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,286,793 | A→G | 16.8% | K29E (AAG→GAG) | ychS → | putative uncharacterized protein YchS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,286,793 | 0 | A | G | 16.8% | 31.8 / 3.9 | 24 | K29E (AAG→GAG) | ychS | putative uncharacterized protein YchS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/12); new base G (2/2); total (10/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.89e-01 | |||||||||||
GTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG > NC_000913/1286651‑1286934 | ggggggCCAGCGGGCGAAATTAGCCGGGAGTGACAGGGTGGGATTATTTGGGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCGGCGCGCTGCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCa < 1:202843/138‑1 (MQ=17) ccATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGa > 1:557031/1‑143 (MQ=255) tCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCCAAcc > 2:227508/1‑143 (MQ=255) aaaTTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCg < 1:337103/143‑1 (MQ=255) ttAGCTCGGAGTAACAGGTTGTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAg < 1:721184/143‑1 (MQ=255) ggAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACTCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGATTCTCa > 1:803475/1‑143 (MQ=255) ggAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCa > 1:305076/1‑143 (MQ=255) tGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGaa < 2:389304/110‑1 (MQ=255) tGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGaa > 1:389304/1‑110 (MQ=255) gATTATTCAAGGAAGCGCTGGTGGTGGCGCAAGGATTCCTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGGTGCCTGCGGCAACGCTCGCTCGCTGGCGCTCAAGGCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTgg < 1:136005/143‑1 (MQ=14) ggAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGaa < 1:461404/99‑1 (MQ=14) ggAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGaa > 2:461404/1‑99 (MQ=17) ggAAGCGATGGTGGTGGAGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATAtt > 1:705479/1‑143 (MQ=255) gAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTGCGGGTCGTTGCCTGCGGAGACGCCGGCGGGCTGGGGCTCAAGAAGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCAGCATAttt > 2:466255/1‑143 (MQ=11) gtggGGGAAGGATTACTCAGCGCGGCGAGCGTCACCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTc < 1:704127/143‑1 (MQ=255) gAAGCATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTga < 1:55372/143‑1 (MQ=255) ggATTACTCAGTGCTGCTCGCTTCGCGTTTCGTGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTAGCTGGCGCTCAAGTCGAACCGTGGTGGAAGCTTCTCAGCGTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGaa < 2:722328/143‑1 (MQ=14) gcgtTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCGTGTGGAAACGTTCTCTCGATGGCGCTCAAGTCGAACCGTGGTCGAAGCTGCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGaaa < 1:782070/143‑1 (MQ=17) cGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGCAGACCCTCATGCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtggtgg < 1:811758/143‑1 (MQ=17) gCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGGAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACt < 1:395294/143‑1 (MQ=255) aaCGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGt > 1:723580/1‑88 (MQ=25) gCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTc > 1:484748/1‑143 (MQ=255) cTCAAGTCGAACCTGGGTGGAAGCTTCGCCTCCTTCCACGTTTGGGCAGCAGGTTTGATTGCGGATTCGTTTGAGGATTCCGGGGTTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc < 2:555019/143‑1 (MQ=17) atCAAGTCGAACCTGGGGTGTAGTTTCTCATCGTTCCCCGTGTGGGCAGAGTATTTGATTGCGGCTTCGTGTGAGGATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc < 2:554546/142‑1 (MQ=14) cAAGTCGAGCGGGGGTGGAAGCTTCGGCTCGTTCCCCGCGTGGGCAGCGTGTTTGATTGCGGATTCGTTTGAGGATTCCGGGGTTTTTGGGAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCgg < 2:103822/143‑1 (MQ=14) | GTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG > NC_000913/1286651‑1286934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |