| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 83,587 | A→C | 8.0% | intergenic (‑58/+35) | leuA ← / ← leuL | 2‑isopropylmalate synthase/leu operon leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 83,587 | 0 | A | C | 8.0% | 131.3 / 4.1 | 57 | intergenic (‑58/+35) | leuA/leuL | 2‑isopropylmalate synthase/leu operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/20); new base C (3/2); total (35/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.95e-01 | |||||||||||
GTTTTTCTTTCACACTCAAGCTTGCCTGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAA > NC_000913/83445‑83727 | gTTTTTCTTTCACACTCAAGCTTGCCTGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCa > 1:688081/1‑143 (MQ=255) tttctttcACACTCTAGCTTGGCTGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATg < 1:382660/143‑1 (MQ=255) cacaCTCAAGCTTGCCTGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTCTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCCTAAAAAACCCCGCGCAACGCCCCggg > 2:340457/1‑143 (MQ=255) acttacgCTTGCCTGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGttt < 1:645039/137‑1 (MQ=255) acTCGAGCTCGCCTGCAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGTGCATAAAAAAACCCGCGCCATTGCGCGGGttt < 2:15889/143‑1 (MQ=255) acTCACGCTTGCCTGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGttt < 1:497287/143‑1 (MQ=255) acTCAAGCTTGCCTGTAGCGCCTGTTCGCCGTCGCGCAGTGTGGTATCGAGAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGGCTCTGTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACTCGCGCAATGGCGCGGGttt < 2:251567/143‑1 (MQ=255) acTCAAGCTTGCCTGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGttt > 1:782674/1‑143 (MQ=255) cTCAAGCTTGCCTGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGtttt < 1:39546/143‑1 (MQ=255) cTCAAGCTTGCCTGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGtttt > 2:337876/1‑143 (MQ=255) cTCAAGCTTGCCTGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAAGAGCGCgggctgt > 2:690427/1‑139 (MQ=255) tccggCTTGCCTGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAACTAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCCATTGCGCGGGttttt < 2:23885/139‑1 (MQ=255) tCAAGCTTGCCTGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGgtttt > 1:713655/1‑143 (MQ=255) tGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATTAAAAAACCCGCGCAATGGCGCCGGGTTTTTGGTTGACTGc > 2:493798/1‑143 (MQ=255) gCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTg > 1:474989/1‑143 (MQ=255) 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1:376204/143‑1 (MQ=255) gcgcAATGTGGTATCGAACATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGAt < 2:558400/143‑1 (MQ=255) tgGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTGGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGGCGCTTTTTTATTTGAGTGCCTGCTGGCTTACTGCCGGATGCCGCtaa > 2:407633/1‑141 (MQ=255) tgGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGATGGATGCCGCTcc > 2:89363/1‑142 (MQ=255) ggggaTCGAAAATAGTGACTTGCCGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCGCGGTTAGGGCGCCTCGCTTCGTGCATAAAAATCCCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCa < 2:239672/139‑1 (MQ=255) aCTTGCTGTCTCATGGTCTGGGTACGTGTCGCTGGTAGAGCGCCTCGCGTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCaaa < 1:293430/143‑1 (MQ=255) gCTTGCTCATTGTTTGGTTCCCTGTCTCCTGTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAGTGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAaagaag < 2:464446/143‑1 (MQ=255) cTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCCTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGCGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACACGTCTCACGCGCCacgaaca > 2:788765/1‑141 (MQ=255) tCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGTCTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAGAGAAGCTGCgc > 2:541892/1‑142 (MQ=255) tCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGTCTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCACAGAAGATGCGt > 2:580450/1‑143 (MQ=255) tCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGCTGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGt > 1:46945/1‑143 (MQ=255) tCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGt > 2:217515/1‑143 (MQ=255) tCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGt > 1:742641/1‑143 (MQ=255) tCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCCCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAGTGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCGACGAAGATGCGt > 2:453062/1‑143 (MQ=255) tCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTCTTAGAGCGCCTCGCTGCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTCGTCTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCCCACTCGTCTACCGCGCCAAGGCGATGCGt > 2:614605/1‑143 (MQ=255) tttGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTtagta < 1:249354/143‑1 (MQ=255) ttGGGCCATTGGCGCTGTGAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTGCTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTtagtag < 1:652409/143‑1 (MQ=255) 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2:641467/1‑143 (MQ=255) ttttAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATCACCCAACCCGCTCAATGGCGCGGGTGTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTCATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGGGCACAGAAGAGGCGTGTAGTAGTACTAGACCGAtgag > 2:449585/1‑140 (MQ=255) ttttAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATaaa > 2:413874/1‑143 (MQ=255) tttAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTTTCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGACGATGCGTTTCGTAGTAGTAGACCGATAAAg > 2:615100/1‑143 (MQ=255) gcgcCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACg > 2:582392/1‑143 (MQ=255) gcgcCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCAGGGCCATCACGCGTGGTGTTTGTTTGACTGCGTGCTCGCACACGGCTGGCGGCCGCTCACTCGGCTACCGCGCAAAGAAGATTCTCCTGGTAGTAGGAGACCGATGAAGCGAACg > 2:15545/1‑143 (MQ=255) tCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGAtgtg > 1:46805/1‑143 (MQ=255) aTAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAAt > 2:545298/1‑143 (MQ=255) aaaaaaaCCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCGCAGAAGATGCGCTTAGGCGTCGTAGCCCGCTAAAGCGAACGAGGTGAGTCCTTCACTCa > 2:568052/1‑143 (MQ=255) aaaaaaaCCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCa < 1:690427/143‑1 (MQ=255) cccGCGCCATTGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGCTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAg > 2:238126/1‑143 (MQ=255) ccGCGCCATTGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGa > 1:521323/1‑143 (MQ=255) ccGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGCGTGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGCTGCGTTTAGTGGTAGTAGACTGATAACGAGGACGATGTGCGACATTAAGTCAGCTCCCGa > 2:665936/1‑143 (MQ=255) cgcgCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGAt > 1:172228/1‑143 (MQ=255) gcgcAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGAGTGCTGGCTTAATTCTGGATTCCGCTCACTCGTCTACCGCGCCAAGAAGATCGGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGCACGATGTGATTCATTAAATCAACTCCAGATg > 2:660609/1‑143 (MQ=255) gcAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGaa > 2:444729/1‑143 (MQ=255) | GTTTTTCTTTCACACTCAAGCTTGCCTGTAACGCCTGTTCACCGTCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAA > NC_000913/83445‑83727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |