Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,376,280 | G→A | 8.0% | intergenic (+15/‑37) | efp → / → ecnA | protein chain elongation factor EF‑P/entericidin A lipoprotein, antidote to entericidin B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,376,280 | 0 | G | A | 8.0% | 129.1 / 3.5 | 50 | intergenic (+15/‑37) | efp/ecnA | protein chain elongation factor EF‑P/entericidin A lipoprotein, antidote to entericidin B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/23); new base A (2/2); total (25/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.56e-01 |
GTGGCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCC > NC_000913/4376147‑4376421 | gtggCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAgg > 1:29054/1‑143 (MQ=255) tggCAGACCCGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAATGTGGATTCCCGCTCTGGTGAATACGTCTCCCGCCTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCACGc < 2:62716/143‑1 (MQ=255) aagccGGCTACACTGTCGACTGGGGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCa < 2:82714/140‑1 (MQ=255) ctccccTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCAGCCTGCAGGCCGCACCacaac < 1:93346/140‑5 (MQ=255) cgaCCCTGTCGACTGGGGGTGTGGTTAGAGTTCCGCTGTGTGTACCAATCGGCGAAGGCATCAAAGGGGATACCCGCTCGGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCAGCCTGCAGGCCGCACCacaac < 1:95796/141‑5 (MQ=255) cTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTAtt > 1:614135/1‑143 (MQ=255) tACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGCAGAACTGGGCGAACCCATCAACGTGAACTGTCTCTCTTGTGAATACGTCTCTCGCGTGCAGTAAGGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt < 1:302470/143‑1 (MQ=255) tctcggtgGTTACCGTTCCGCTGTTTGTACAAGTCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTCAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCagag < 2:726484/138‑1 (MQ=255) tggggTTAAAGCCCCGCTGTTTGTACAAACCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAgatga < 1:223592/140‑1 (MQ=255) aaaGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACg < 1:470325/143‑1 (MQ=255) aaGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGc < 1:512277/143‑1 (MQ=255) ttCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCtt < 2:44751/143‑1 (MQ=255) ttCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACCTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCtt > 2:172977/1‑143 (MQ=255) ttCCGCTGTTTGTAAAAATCGACGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCTCGAAGTAACGCGGTTATAGTGCGACCTGCAGGCTGCAGCATCACTTATTCAAGCAACAGAAGTTGAAACGACtg > 2:759849/1‑142 (MQ=255) ccGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTAt > 1:487227/1‑143 (MQ=255) cGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGCGATGATGAAACGCCTTATc > 1:709560/1‑143 (MQ=255) cGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACCCCTTATc < 1:476612/143‑1 (MQ=255) ttGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAAGCTGTATCATCACTTACTCAGGTCTAAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCtt < 1:117906/143‑1 (MQ=255) tACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGCAACGCCTGATCGTTCTTGtt > 1:38375/1‑143 (MQ=255) aCAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGCTGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGttt > 2:403971/1‑143 (MQ=255) aCAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGGCTTACCGTTCTTGtgt > 1:180084/1‑141 (MQ=255) aCAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGttt > 2:102969/1‑143 (MQ=255) aCAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGttt > 1:492500/1‑143 (MQ=255) aaaTCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTGGTGGTGCGGGCTGCGGGCTGCACCGTCAGTTATTCGGGTCAGAGATGGTGGCACGCCTTCTCGTTCTTGTtgtg > 1:55574/1‑143 (MQ=255) aTCCGCGAAGTGATCAAAGTGGATACTAGCTAGGTGGTATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTttgct < 2:356776/143‑1 (MQ=255) gAAGTCATCAAAGTGTCTACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAg < 1:574812/143‑1 (MQ=255) aGTCATCAAAGTGGATACACGCTCTGGTGAATACGTATCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCAATTATTCAGGTCAGAGATGATCAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCa > 2:198179/1‑143 (MQ=255) gTCATCAAAGTGGGTACCCGCTATGGTGAATCCGTCTCTCGCGTGAAGTAATACGGTTGTGGTGCGGACTGCAGGCTGCACCATCACTGATTCAGGTCCGCGATGATGCAACGCCACATCGTCCTTGTATTGCTTGCCAGCaa > 2:551048/1‑142 (MQ=255) atcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGCTGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACgct > 1:99421/1‑143 (MQ=255) aGTGGCTACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCa < 1:385677/143‑1 (MQ=255) gTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCAc < 2:704683/143‑1 (MQ=255) gATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCa > 1:159967/1‑61 (MQ=255) gATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCa < 2:159967/61‑1 (MQ=255) tACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCt > 1:521587/1‑143 (MQ=255) aCCCGCTCTGGCGAACACGTCTTTCGCGGGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTg < 1:67750/143‑1 (MQ=255) ccGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCCAACGCGCTGTa > 2:271043/1‑143 (MQ=255) cGCTCTGGTGAATACGTTTCGCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTaa < 2:673282/143‑1 (MQ=255) cGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGCCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTCCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTaa > 1:648780/1‑143 (MQ=255) gCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGCTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCTCGGGCTGTAac > 2:629573/1‑143 (MQ=255) aTACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTcgcg > 2:56187/1‑143 (MQ=255) tctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCgg < 1:316422/143‑1 (MQ=255) tcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCg > 1:85007/1‑143 (MQ=255) gcgTGCAGTAGTGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGaa < 2:227275/143‑1 (MQ=255) gTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGa < 1:167231/143‑1 (MQ=255) gTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGa < 1:102969/143‑1 (MQ=255) gtgatggtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTACCACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACAtctc > 1:7165/5‑143 (MQ=255) gtgatggtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGATTCGGCGGAGACCGCAAACAtccc > 2:257983/5‑141 (MQ=255) gTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGATTTTCGTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACAtctc < 2:492500/143‑1 (MQ=255) ttGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCg < 1:695670/143‑1 (MQ=255) cGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTcc > 1:118301/1‑143 (MQ=255) | GTGGCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCC > NC_000913/4376147‑4376421 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |