| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,402,140 | G→A | 100% | P569L (CCG→CTG) | nuoC ← | NADH:quinone oxidoreductase subunit CD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,402,140 | 0 | G | A | 99.2% | 62.4 / ‑7.0 | 23 | P569L (CCG→CTG) | nuoC | NADH:quinone oxidoreductase subunit CD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (9/13); total (9/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCAT > NC_000913/2402004‑2402276 | ccGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGGGGTTGTTGGTCCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAAGAAAATCGATACTGCCCAGATAAAAAATCAGGTCAGACACAAGGAGCCCACGGATCGCCGCCAGAAttt > 2:590167/1‑143 (MQ=255) tgtgGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTACCGCGGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTa > 1:20408/1‑143 (MQ=255) ggCATTATTGGCGGGCCACAGCTGGCACGACAGAGGTGGTACGGCCCAGATACACAAGCAGGTCAGACACCAGGGTGCCGCGGATCGCGGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTaa < 2:39384/142‑1 (MQ=255) gCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACACTTTCGATACTGCTCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGGCGCCAGAAGTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAAc < 1:43958/143‑1 (MQ=255) gCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATACACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGGAAc > 2:113799/1‑143 (MQ=255) gCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAGATGCGGAAAGCTCGGGGTACGCACACGGGTGCGGTAACTCATGGtgc > 1:198335/1‑143 (MQ=255) gTCCCCATCTGACAGAACATACTCGAGCCGGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGGCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGtgctgc < 2:376510/143‑1 (MQ=255) cTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTg < 2:160947/143‑1 (MQ=255) catgcTGCCCAGAGAACCACCCAGTGCAGACACCAGGCTGCCGCGGCTCGCCGCCAGAGTTTGCTGCAAATGCGCACAGCTCGGCGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGt < 2:362654/139‑1 (MQ=255) aCTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGGTGCCGCGGATCGCCGCCAGAGTTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGa < 2:28555/143‑1 (MQ=255) cAGATAAACACTCAGTTCAGTCACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGTGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCtt < 2:389287/143‑1 (MQ=255) aGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCttt > 1:594700/1‑143 (MQ=255) ggataaCAAGCAGGTCAGACACCAGGCGGCCGCGGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCAGTCGCGGGTCAGGTAGTAACGGTTGATCCCTTTg < 2:614440/139‑1 (MQ=255) gATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGGTCCCTTTg > 2:99907/1‑143 (MQ=255) gATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTg < 1:459838/143‑1 (MQ=255) cAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCaa < 1:414057/143‑1 (MQ=255) aGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCt > 1:169037/1‑143 (MQ=255) gACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGGCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTg < 1:294232/143‑1 (MQ=255) acacCTGGCTGCCGCGGCTCGCCCCCAGAACTTGCTGCAAATGCGCAGAGCTCGGGGTACGAACACGTGTGCGGTAACTCATGTTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTgg < 1:97567/143‑1 (MQ=255) acacCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTgg < 1:334528/143‑1 (MQ=255) gcgGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTgg > 1:359902/1‑143 (MQ=255) cgGATCGCCGCCAGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAAATGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGAATCCTTggc > 2:150585/1‑143 (MQ=255) gccgccGGAACTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCAt < 2:662107/143‑1 (MQ=255) | CCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCAT > NC_000913/2402004‑2402276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |