Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,657,601 | G→C | 10.0% | intergenic (+34/+385) | hdeD → / ← arrS | acid‑resistance membrane protein/small regulatory RNA ArrS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,657,601 | 0 | G | C | 10.0% | 101.0 / 5.6 | 41 | intergenic (+34/+385) | hdeD/arrS | acid‑resistance membrane protein/small regulatory RNA ArrS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/19); new base C (2/2); total (19/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.87e-01 |
AACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGG > NC_000913/3657459‑3657735 | aaCGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGAGCATAGTCACTTg > 1:113999/1‑143 (MQ=255) aCGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATTGTCACTTGa > 1:203400/1‑143 (MQ=255) ggTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACATCAAGTGACTa < 1:429693/143‑1 (MQ=255) aCGCTGGTTTCCACACTGGTGCGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACATCAAGTGACTATGATCCgggt < 1:451957/143‑4 (MQ=39) gCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAGCTGGTATTTGGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTaa < 2:125310/143‑1 (MQ=255) cTGGTTTCCGCTGTGTTGGGCATTGAACGGTTATTTGTCGCCGCCAGTCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCGCACGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAAt < 2:313860/143‑1 (MQ=255) gTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACACCGGTTGTCACCCGGCACATAGTCACTTGATGTGACTGTGATCCGATTAATAcc > 2:432306/1‑142 (MQ=255) gTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCAAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGGTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTAACCCGGATCATAGTGGCTTGATGTGACTATGATGAGATTGATAct > 1:60662/1‑143 (MQ=255) cacaCTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACtctctc > 1:166424/1‑143 (MQ=255) acacTGGTGGGACTTGGACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGTCTATGATCCGATTAATACTCTCTcc < 2:64953/143‑1 (MQ=255) acTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGc > 2:198679/1‑143 (MQ=255) tggGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGc > 1:215741/1‑143 (MQ=255) gggAATTGGACTGATGGTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCa < 1:458501/143‑1 (MQ=255) ttGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTTACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGcgtt > 1:618738/1‑143 (MQ=255) agctgggatTTGGCGCCGCCAGCCTGTGCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTa < 2:205188/136‑1 (MQ=255) 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2:657122/143‑1 (MQ=255) gtggCCGGTTTGTTCGTTACGTAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACTCGGATCATAGTCATTTGATGTGACTATGATCCGATTAATCCTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTAc < 1:138676/140‑1 (MQ=255) gCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGTTGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGAGCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTg > 1:593747/1‑143 (MQ=255) gCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCCGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTTAAATCATCAcccg > 1:132831/1‑141 (MQ=255) cctgTTTGTGCGGTACGCAGTGATAATTACCGCGGTTGTCACGCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATGCGATTAAGACGCTCTCCGCTACGCAGGGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGc < 2:213961/140‑1 (MQ=255) ttGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGCCTATGATCAGCTCAAAACTGTTTCCGAAGTATAAGCGAGGGGAGCAATTGCGCACTATTATTGAAATAATTACCTGCTCGTg > 2:139402/1‑143 (MQ=255) 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2:360189/143‑1 (MQ=255) cagcaATAATTACCCCGGTGGTCACCCGGATCATAGGCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAAcc < 1:14552/143‑1 (MQ=255) ataatTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGCTTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCCGCTCGTGATTATTTCAACCTACTg > 2:417653/1‑143 (MQ=255) tACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAAttt < 2:565035/143‑1 (MQ=255) gtcccGGTTGTCACCCGTATCATAGTCACTGTATGTGGCTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTc < 2:481859/141‑1 (MQ=255) tCACCCGGAGCATAGGCACTTGAGTTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAAtttt < 1:290610/143‑1 (MQ=255) 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AACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGG > NC_000913/3657459‑3657735 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |