Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,719,704 | C→T | 8.3% | A76V (GCC→GTC) | yiaG → | putative DNA‑binding transcriptional regulator YiaG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,719,704 | 0 | C | T | 8.3% | 129.3 / 2.9 | 51 | A76V (GCC→GTC) | yiaG | putative DNA‑binding transcriptional regulator YiaG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/25); new base T (2/2); total (23/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.85e-01 |
ACGCACAGAACAACGTCCTGTACCGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAAT > NC_000913/3719562‑3719831 | aCGCACAGAACAACGTCCTGTACCGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGc < 2:367660/143‑1 (MQ=255) gTCCTGTACCGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGCTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGCGAAGCCCTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTgc > 2:147471/1‑142 (MQ=255) tCCTGTACCGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGAt < 1:85989/143‑1 (MQ=255) cTGTACCGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGc > 1:396425/1‑143 (MQ=255) gTACCGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGAGTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAGTTGATGCGt > 1:663150/1‑143 (MQ=255) ccGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTg > 1:128449/1‑143 (MQ=255) ccGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTg > 1:162469/1‑143 (MQ=255) cGAAATTGAGGAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAGTTGATGCGTTTGa > 1:615493/1‑143 (MQ=255) cGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGa > 1:458287/1‑143 (MQ=255) gAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAACATTGATGCGTTTGAt 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gAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATCGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGCACTAAACTTGATTCGTTTGCTTCAAGCCAACCCAGCa > 1:151808/1‑143 (MQ=255) aaaaGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCAt > 2:68527/1‑143 (MQ=255) aaaGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCAtt > 1:405267/1‑143 (MQ=255) aGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATtaa < 2:345933/143‑1 (MQ=255) aCAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATtaagtaa < 1:545471/143‑1 (MQ=255) gATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGTCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAg > 1:509720/1‑143 (MQ=255) gATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGTCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAg > 1:179126/1‑143 (MQ=255) aTTAAAAAGCGAGGATTTCGCCCGGGGTTGCGTCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGACTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTAATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGt < 2:132312/143‑1 (MQ=255) ctAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGtt < 1:619023/142‑1 (MQ=255) atTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATGCAAGCCAACCCGGCATTAAGGAAGCAGATGTAGGAATAGACt > 2:255738/1‑143 (MQ=255) gCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTAt < 1:572890/143‑1 (MQ=255) gCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTAt < 1:499840/143‑1 (MQ=255) cccGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGCATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCCGTTGATGGAATAGACTTTTAta > 2:237033/1‑142 (MQ=255) cccGGGTTTTGGGCATAGCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATc < 2:141332/143‑1 (MQ=255) ccGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTCAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTGAGTAAGCAGCTACTGGAAACGACTTTTAtac > 2:35967/1‑141 (MQ=255) gTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACtt < 1:17129/143‑1 (MQ=255) tttGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTa < 2:128449/143‑1 (MQ=255) gCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCAGTTTATTGCt > 2:359713/1‑143 (MQ=255) gCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCt < 2:458287/143‑1 (MQ=255) aaGTCGCCGTGGTAAAGGAATGGTAATGCAGACGCGTGAAGCCGTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTAc < 1:456643/142‑1 (MQ=255) agacGCCATGGGAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACg < 1:630636/140‑1 (MQ=255) cGCCAAGGTAAAGGAATGGGAACCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAGTTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTc < 1:296099/143‑1 (MQ=255) cATGGTAAAGGAATGAGAATCCAGACGCGTCAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTCCTGGCACAGACTTCACTCCAGCCTATTGCCGTTCACGCTCCtg > 2:558308/1‑143 (MQ=255) aTGGGAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCtga < 1:463499/143‑1 (MQ=255) tGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCtgat < 1:68527/143‑1 (MQ=255) gTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCATCCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCtgatga < 2:341114/143‑1 (MQ=255) tAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGAc < 2:32292/143‑1 (MQ=255) gggAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACCGTCCTGATGACAGGCCCGtt > 1:319525/1‑143 (MQ=255) gggAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGAGTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGtt < 2:162469/143‑1 (MQ=255) gAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGtttt < 1:11303/143‑1 (MQ=255) aTCCCGTCGCGTGAAGCCTTCAAGTTGGCG‑ACTAATATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTcc < 2:438636/143‑1 (MQ=255) aTCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGGCCTGATGACAGGACCGTTTTcc > 1:280586/1‑143 (MQ=255) tCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCa > 1:127979/1‑143 (MQ=255) gTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTaa < 2:405267/143‑1 (MQ=255) tGAAGCCTTCACG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTCTATCCACTTTATGGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAAt < 2:646323/143‑1 (MQ=255) tGAAGCCTTCAAG‑TGTCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCATTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAAt < 2:179126/143‑1 (MQ=255) tGAAGCCTTCAAG‑TGTCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAAt < 2:509720/143‑1 (MQ=255) | ACGCACAGAACAACGTCCTGTACCGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAG‑TGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAAT > NC_000913/3719562‑3719831 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |