New junction evidence | |||||||||||
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? | NC_000913 | = 569161 | 1889 (42.000) | coding (260/1527 nt) | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 2714 total aligned reads displayed.
ATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAG > NC_000913/569017‑569301 | tggcttttattaatggatatggctcattcaaagagtcaatattatagactgtattgttgcaaagagttatcaaatcaataacgtgattcaaaatcaatttcagacgttcaatcgagtcacagactttatatcTTGAAAGTCTg < 2:887327‑M1/11‑1 (MQ=255) tggcttttattaatgaatatggctcattcaaagagtcaatattatagactgtattgtcgcaaagagttataacatcaataccgtgattcaaaatcaatttcagacgttcaatcgcttcaccgactttttctcTTGAAAGTCTg < 2:290580‑M1/11‑1 (MQ=255) tCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTgg > 1:733764/1‑143 (MQ=255) ttGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGAc < 1:513216‑M2/143‑2 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aTAACAAATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGATGTTATTATAGGCTATAGAGTATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTTTGGAcagactttc > 2:108021‑M2/1‑134 (MQ=255) agaatatggctcattcaaagagtcaatattatagactgtattgtcgcaaagagttataacatcaataccgtgattcaaaatcaatttcagacgttcaatcgcttcaccgacgtttgctcTTGAAAGTCTGGACAG‑ACTTTCaa > 2:642643‑M1/120‑143 (MQ=255) aaCATATGAAGATTTAGGCTTAACAGAGAGCAAACGACAGCATGCATAATTAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGAcagactttcaa > 1:334600‑M2/1‑132 (MQ=255) aCATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTGCATTGGTAGTTGAAAGGCTGGAcggactttaaag < 2:464582‑M2/143‑13 (MQ=255) aCAGATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAag < 1:81093/143‑1 (MQ=255) 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> 1:255468/1‑143 (MQ=255) aGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCtt > 2:610434/1‑143 (MQ=255) aaCTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAGTACAGTCTATAATCTTGACGCTTTGa > 2:723767/1‑143 (MQ=255) cTAGATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAG‑ACGTTGAAGGGAAAAAGTCGGGGAAGCGATTGCACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAAt < 2:553450/143‑1 (MQ=255) tACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATg > 2:679383/1‑143 (MQ=255) cATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAg < 1:596699/143‑1 (MQ=255) 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< 1:630355‑M2/143‑131 (MQ=255) TTGAAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACa < 2:419843‑M1/107‑1 (MQ=255) TTGAAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCa > 1:272467‑M1/1‑143 (MQ=255) gAAAGTCTGGAcagactttcaactaacaatgtagttcctggcaatatataaccatgctctatagcctctaaaaattccgaaaaagctcctgattgtgcatgctttcctttgaatgcacttaatcctaaatcttcatatgttat < 1:543080‑M2/143‑133 (MQ=255) aaaGTCTGtccagactttcaactaacaatgtagttcctggcaatatataaccatgctctatagcatctaaaaattccgaaaaagctcctgattgtgcatgctttcctttgaatgcacttaatcctaaatcttcatatgttatg < 1:321767‑M1/143‑136 (MQ=255) AAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCTGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTACACTACTGTCTCTTTGAATGAGCCATATTCATta > 2:791391‑M1/1‑143 (MQ=255) AAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATta > 1:494879‑M1/1‑143 (MQ=255) AAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATta > 1:477835‑M1/1‑143 (MQ=255) AAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATta < 1:842250‑M1/143‑1 (MQ=255) AAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGAGATTGAACGTCTGAGATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATta < 1:859369‑M1/143‑1 (MQ=255) GTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGGATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATtaata < 1:91688‑M1/143‑1 (MQ=255) TCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATtaataa < 1:161716‑M1/143‑1 (MQ=255) TCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATCAGCCATATTCATtaataa < 2:576654‑M1/143‑1 (MQ=255) GGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCGTTAATAAAAg < 1:116564‑M1/143‑1 (MQ=255) GGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATCGCCTCTTTGAATGAGCCATAtccattaatcaacg < 1:581116‑M1/143‑6 (MQ=255) | ATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAG‑ACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAG > NC_000913/569017‑569301 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |