Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,414,689 | C→G | 9.5% | intergenic (+17/‑58) | ackA → / → pta | acetate kinase/phosphate acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,414,689 | 0 | C | G | 9.5% | 117.3 / 5.6 | 48 | intergenic (+17/‑58) | ackA/pta | acetate kinase/phosphate acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/18); new base G (2/3); total (27/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.68e-01 |
CTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGATCCGTGCAATGGAA > NC_000913/2414553‑2414830 | cTGGCTGCACGTTTCACCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGCAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTgg < 2:322859/143‑1 (MQ=255) ttGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGGCCCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTGAGCTGGCGGt < 1:775217/142‑1 (MQ=255) cTGCACGCTTCGGCAAATCTGGTGTCATCAACCAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTGAGCTGGCGGt < 1:837678/143‑1 (MQ=255) tGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGGGGTTAGCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGCGCCGCCCGACTGCCTGATTTCACACCGCGAGCTCACCTGCCgcgc > 2:498301/1‑140 (MQ=255) cACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGCTTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGcc > 2:590261/1‑142 (MQ=255) gTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCTGCTGGCGGTggcgtt > 1:250924/1‑138 (MQ=255) gTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGtt > 1:752055/1‑143 (MQ=255) ttCGGCAAATCTGGTTTCCTCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGtttt < 2:631214/143‑1 (MQ=255) ttCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGtttt < 1:621021/143‑1 (MQ=255) ttCGGATAATCTGTTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATACCAACCAACGAAGAATTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGtttt < 2:294886/143‑1 (MQ=255) aaaTCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCCGTTTTGTGAcc > 2:680672/1‑143 (MQ=255) actCTGGTGTCATAAACGAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAAccc < 1:266613/141‑1 (MQ=255) aaTCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTCCCGGCGCTGTTTTGTAAccc > 2:530851/1‑143 (MQ=255) tgcggTTTCATAAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGTGGGGGTTACCCCAACCAACGAAGACCTGGTTATCGCCCAAGACGCGCGCCGCCTGCCTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGc < 1:605956/140‑1 (MQ=255) cTGGGTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGcc < 1:626283/143‑1 (MQ=255) ggTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCac > 2:707744/1‑142 (MQ=255) ggTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCaa > 2:247408/1‑143 (MQ=255) tttCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACCCCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTCACCCGCCAAAt > 2:245345/1‑143 (MQ=255) atcaACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATcggc > 1:282478/1‑143 (MQ=255) gTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGCCTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAagag < 1:161634/143‑1 (MQ=255) ggtggtTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTc > 1:44917/1‑143 (MQ=255) ggctATCCCATCCACCGCACGTCTGGTTATCGCGCAAGGCGGGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCg < 2:524396/140‑1 (MQ=255) caaccaacGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGCGGATAAACCGCGTCGCGtattataa > 2:483209/1‑141 (MQ=255) aacGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTg > 1:240898/1‑143 (MQ=255) aagaaCTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATcc > 1:98579/1‑143 (MQ=255) cTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGTGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTAcc < 1:471002/143‑1 (MQ=255) cTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGGAACGAAAGAGGATAAACCGTGTTCAGTCTGATGCTGCTGATcgcgata > 1:533208/1‑137 (MQ=255) gTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGCCCGTAACCAAAGAGGATACACCGTGTCCCGTCTTATTCTGCTCATCCCTCCCggc > 1:750225/1‑142 (MQ=255) tATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGGCTGCCTGGTGTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAAc < 2:376174/143‑1 (MQ=255) cgcAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCg > 1:47112/1‑143 (MQ=255) gccgcgAGCCGCCTGACTGCCTGATTGCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGt < 1:456689/141‑1 (MQ=255) caCGCGGCCCGCCTGACTGCCTCGTTGCGCGCCGGCAGCTCAGCGGCCGGTGGTGTTTTGTAACCCGTCAAATGGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGt < 2:326452/142‑1 (MQ=255) gAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATCAACCGTGTCCCGTCTTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCACCCTCGGTCTgcc > 1:297136/1‑141 (MQ=255) aGCCGCCTGACGGCCTGATTGCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTCACCCGCTTCGTGGGTTGCCACCAATGCGGATACGTCGTCTGCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGAcc < 1:690819/143‑1 (MQ=255) gccgccTGACTGCCTGAGTTCCCACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGCCCCGTATTACTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCa < 2:762920/143‑1 (MQ=255) gccTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGACAGAGGATAAACCGTGTCTCGTATTATTATGCTGATCCATACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACGAGCg > 2:800735/1‑143 (MQ=255) tGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTGCCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGGCAGCCt > 1:905437/1‑143 (MQ=255) gCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGATTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGCTAAGCCGTGTCCCGTATTATCATGCTGACCCCTACCGGAACGAGCGTCGGTCTGACCGGCGTCAGGCtt > 1:348683/1‑143 (MQ=255) ccTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCCGACCAGCGTCAGCCTTg < 2:394848/143‑1 (MQ=255) tGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGc < 1:679400/143‑1 (MQ=255) ttCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGCTAACCCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGa > 2:234728/1‑143 (MQ=255) tCACAGCGCCAGCTCATTTGGCGTTGGTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGAt < 2:430098/143‑1 (MQ=255) tCACACCGCCATCTGTGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGAt < 2:260048/143‑1 (MQ=255) tCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCGGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGAt > 2:471620/1‑143 (MQ=255) acacCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGCGTTATTATGCTGAGCCCTACCGGAACCAGCGTCGGGCTGACCAGCGTCAGCTTCGGCgcaagcc > 2:697341/1‑137 (MQ=255) cacCGCCAGCTGAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGCTCCCTACCGGCACCAGCGTCGGTCTGCCCAGCGTCAGCCCTGGCGTGATCCg > 2:542347/1‑143 (MQ=255) cacCGCCAGCTGAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAACCGGCGGTAACGAAAGAGGATAACCCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGGCCCGGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGATCCg > 1:923027/1‑143 (MQ=255) acCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCAGTCTGACCAGCGTCAGCCCTGGCCTGATCCGt > 1:666723/1‑143 (MQ=255) cagctcagctGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGATCCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGATCCGTGCAAt < 2:752055/143‑1 (MQ=255) tcagctGGCGGTGCTGTTTTGTAGCCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTCTTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGGCCCGTGCCATgtac > 2:934064/1‑140 (MQ=255) tcagctGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGGGTCCCGAAATATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCATGGCGTGACCAGTGCCATGGaa > 2:243559/1‑143 (MQ=255) | CTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGATCCGTGCAATGGAA > NC_000913/2414553‑2414830 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |