Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,720,802 | A→C | 8.8% | T41T (ACA→ACC) | insJ → | insertion element IS150 protein InsA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,720,802 | 0 | A | C | 8.8% | 148.0 / 4.0 | 61 | T41T (ACA→ACC) | insJ | insertion element IS150 protein InsA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/24); new base C (4/2); total (35/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 |
AAATGGAATAGCCCCTAATATGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAATCAGGCTGCTGCTCAC > NC_000913/3720661‑3720943 | caacggACTAGCCCCCAATATGTCCAAGCCAAAATACCCTCTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAACCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCTAACCCAGGTCAGGACAt < 1:42846/139‑1 (MQ=255) aaaTGGAATAGCCCCTAATATGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACAt < 1:416965/143‑1 (MQ=255) aaTGGAATAGCCCCTAATATGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATg > 1:892319/1‑143 (MQ=255) aTGGAAGAGCCCCTGAGATGTCAACGCCAAAGTACCCTGTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACTACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATgg < 2:644185/143‑1 (MQ=255) tGGAATAGCCCCTAATATGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTGCCCCGAACCCACGTCGGGAGGTggg > 2:753684/1‑143 (MQ=255) aaTAGCCCCTAATATGTCCAGGCTACTATTCCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCATGTCCTGACCTGGGttc < 2:446551/143‑2 (MQ=255) aTAGCCCCTAATATGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCCTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGc < 2:153943/143‑1 (MQ=255) ccccTAATATGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACCTGGGTTGCCctc > 2:465040/1‑143 (MQ=255) ccTAATATGTCAACGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTa < 1:551966/143‑1 (MQ=255) cTAATATGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGCACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTAt > 1:802795/1‑143 (MQ=255) tAATATGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCGGAAACCAGGGCAGGACATGGGTTCCCCTCTATg > 2:148737/1‑143 (MQ=255) tatGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGaaa < 1:518544/143‑1 (MQ=255) atGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGaaaa < 1:846429/143‑1 (MQ=255) atGTCAAAGCCAAAATACCCTTCTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCTCTCTATGaaaa < 1:401675/143‑1 (MQ=255) gTCAACGCCAAAATACCCTTTTGAAAAACGCCGTGACGTCGTGAATCACTACTTCACAAATGATGATGGTTACAGGAGCATCTGAGCACGTCTTCGTGTCCCCCGAACCCAGGTGAGGAGACGGGTTGCACCCTAGCAAAAAc > 2:300658/1‑143 (MQ=255) 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1:186705/143‑1 (MQ=255) cAAAATACCCTGTGGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGaa < 1:464687/143‑1 (MQ=255) ccTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGAACTGGGTTGACCTCTCTGAAAAACATGGAGAAAAAGGttt < 1:623683/143‑1 (MQ=255) ccTGTTGAAAAGCGCCTTGAAGTGGTGAGTCAGTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCAGGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGttt < 2:456348/143‑1 (MQ=255) ttttGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGGTGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGACCCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGCCGCAACAGGTTTac > 1:22839/1‑142 (MQ=255) ttttGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTaa > 1:261528/1‑143 (MQ=255) ttttGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACACGGGTTGCCCTCTCTGAAACACACGGAGAAAAAGGCTTaa > 2:398381/1‑143 (MQ=255) tttGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCGTCCGTGAAAAACATGGAGAAAAAGGGGTAAt > 1:653378/1‑143 (MQ=255) tGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTc < 1:632000/143‑1 (MQ=255) aaGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTGTGAACAACATGGCGAAACAGGTTTCATTCCCaa > 2:9277/1‑143 (MQ=255) cTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTaa > 1:643907/1‑143 (MQ=255) ttGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTaaa < 2:740952/143‑1 (MQ=255) ttGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTaaa < 1:144274/143‑1 (MQ=255) gAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAgg > 1:249254/1‑143 (MQ=255) gAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGCTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACACGACCACAAATGTTTAATTCCCAAACCTAAAgg < 2:335785/143‑1 (MQ=255) aaGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCACGACCCCACGGCAGGACATGGGTTGCCTCCTATGAAAAGCATGGAGAAAAAGGTCAAATTCGCAAACCTAACGGc > 2:532924/1‑143 (MQ=255) gTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTCATTCCCCAACCTCACGGCGttcg > 1:588805/1‑141 (MQ=255) gTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATAATGGCCCTTTGTGGTGTCCCCCGATCCCAGCGCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAg < 1:175390/143‑1 (MQ=255) actactTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCAGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACAAGGAGAAGAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTGGTGCTGAt > 2:772625/1‑143 (MQ=255) tactTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGGAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTGAGTGCTGAGcc > 1:77053/1‑143 (MQ=255) tactCCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACTCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATcc < 1:930137/143‑1 (MQ=255) ttCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCaga < 1:602587/143‑1 (MQ=255) accaCTGATCATCGTTACAGTATCATCTCGGCACGTTTTGGTGCACCACGGTCCCAGGTCAGGACACTTGTTTCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGtt < 1:641555/140‑1 (MQ=255) aaCTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACCTGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGCAAAAGGCTTAGTTCCCAAACCTACAGGCGTTAGCGCTCATCCacactcgc > 2:277199/1‑136 (MQ=255) aaCTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAACGGCGTTCGTGCTGACCCAGAGTTGc > 1:810711/1‑143 (MQ=255) atgatgGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTAtt > 1:421176/1‑143 (MQ=255) cagagTTACAGGATCATCACGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTaa < 2:944656/139‑1 (MQ=255) agggTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGAAATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTGAGTGCTGATCCAGAGTTGCGCATTAAg > 1:489060/3‑143 (MQ=255) aCAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCTTATTAAGTTCGTg > 1:153868/1‑143 (MQ=255) gCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCCCTATGAAAAAACTGGAGAAAAAGGTTTAATGCCCAATCCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGa < 2:563944/143‑1 (MQ=255) cGTTGTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGagca < 2:775357/143‑1 (MQ=255) ttttGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGagcagc > 1:22428/1‑143 (MQ=255) ttcgtgtCCCCCGAACCCAGGTCAGGCCATGGGTTGCCCTCTATGAAAAGCATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGcac < 2:516403/140‑1 (MQ=255) ttGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGACAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCACACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGCATTAAGGCCGTGCAGGCTGCGATCGAGCAGcac > 2:40211/1‑143 (MQ=255) tCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTcc > 2:729603/1‑143 (MQ=255) tCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTcc > 2:637483/1‑143 (MQ=255) tCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTcc > 2:241517/1‑143 (MQ=255) caaCCCATGTCCTGACCTGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGATGATTCAGCGCGACGAATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAAt > 1:431807/2‑143 (MQ=255) ccAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGCAAGCTGTGATCGAGCAGCACAGGTCCGTTAATCAgg > 2:747084/1‑143 (MQ=255) aCATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAACGGCGCTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAATCAGGCTGCTGCTCa > 2:821409/1‑143 (MQ=255) cATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAATCAGGCTGCTGCTCAc < 1:33176/143‑1 (MQ=255) | AAATGGAATAGCCCCTAATATGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATGAAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAATCAGGCTGCTGCTCAC > NC_000913/3720661‑3720943 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |