| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,798,666 | A→T | 12.4% | L216* (TTA→TAA) | waaU ← | putative ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase 4 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,798,666 | 0 | A | T | 12.4% | 160.0 / 3.1 | 63 | L216* (TTA→TAA) | waaU | putative ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase 4 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/23); new base T (6/2); total (37/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTCAAGTATTGGTATTGTCAATAAATCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGTAGTTGGTGGAAAATTTACCCTCACCATAAATATGCTTCAGTATTTCTATTGCTCGTGTAC > NC_000913/3798529‑3798807 | tttCAAGTATTGGTATTGTCAATAAATCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGa > 1:557202/1‑143 (MQ=255) ttCAAGTATTGGTATTGTCAATAAATCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGAt > 1:279166/1‑143 (MQ=255) aaGTATTGGTATTGTCAATAGATCTTGCGGTAGCCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCTCCTAATGGATtag > 2:489902/1‑142 (MQ=255) aaGTATTGGTATTGTCAATAAATCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACTTAATGGATtaa > 2:208639/1‑143 (MQ=255) 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1:720220/1‑143 (MQ=255) ggTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACGTTTATTTGCTCACACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGGTTAATAATGACTATTCTTGTATATCCactcaa > 1:86360/1‑138 (MQ=255) aaCCCGTTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCt < 1:342390/143‑1 (MQ=255) gTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCACTAAATTAttttat > 2:625188/1‑143 (MQ=255) tAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCttttatt < 2:932517/143‑1 (MQ=255) aaTATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCttttatttt < 1:824371/143‑1 (MQ=255) 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1:144884/143‑1 (MQ=255) gtTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCaa < 1:447540/143‑1 (MQ=255) ttGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATTACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGTAGTtgg < 2:763452/143‑1 (MQ=255) gATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCACTAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGTAGTtggtc > 1:339285/1‑142 (MQ=255) gATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTA‑TTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGTAGTtggtgg > 1:359232/1‑143 (MQ=255) atataACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTAATAATGACTATTCTTGTATCTTTTTTAATTTCTTTTATTTTATCTTCATCATCTACTGGTTATTTCTAGTCTTATTTGGTGGaa > 2:803570/1‑143 (MQ=255) 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1:933077/143‑1 (MQ=255) cTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTGTGCACCTAATGGATGAATCCTGAACATCTTTTTATCTCCAATAAATTCGTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGTAGTTGGTGGAAAATTTa < 1:938351/143‑1 (MQ=255) ttttATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAACTCGTAGTTGGTGGAAAAtttcc > 1:160664/1‑141 (MQ=255) tcttATTTGCTCAATTGTAAGACTGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGTAGTTGGTGGAAAATTTAc < 1:164107/141‑1 (MQ=255) ttGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAACTCGTCGTTGGTGGAAAATTTCCCCTccc > 1:16693/1‑141 (MQ=255) tCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGTAGTTGGTGGAAAATTTACCCTCACCATa > 1:559737/1‑143 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |