| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,184,543 | C→A | 100% | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 100.0% | 146.3 / ‑6.7 | 52 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (29/22); minor base T (0/1); total (29/23) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGT‑AACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATT > NC_000913/4184407‑4184675 | gCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGT‑AACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTggg > 1:16010/1‑143 (MQ=255)gCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCAAGGT‑AACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACCGAACCAGCTggg > 2:687294/1‑143 (MQ=255) tAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGT‑AACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAc < 1:205676/143‑1 (MQ=255) aaggCCGTATCCAGCCTGGTTACAAGATGGCAGGTCGTACCGATCAACTACTGT‑TTATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACTATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCg < 1:735571/140‑1 (MQ=255) gCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGT‑AACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGAAGACATCGTACTGAACCAGCGGGGCGTACCGtac > 2:521415/1‑141 (MQ=255) ccGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGT‑AACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGGACCGtctc > 2:830847/1‑143 (MQ=255) tCCAGCCTGGTGCCAAGATGGCAGGTCGTCACGGT‑AACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAATCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATg < 1:281459/143‑1 (MQ=255) ccTGTTGACACGATGTCACGTCGTCACGGT‑AACAAGGGTGTAATTTCTAAGACCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACAt < 2:745658/143‑1 (MQ=255) tGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGT‑AACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTc > 2:644921/1‑143 (MQ=255) caggATGGCAGGTCGTCACGGT‑AACAAGGGTGTAATGTCTCAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAGCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATAAACATCGGTCAGa < 2:395213/140‑1 (MQ=255) gATGGCAGGTCGTCACGGT‑AACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATcc > 2:79533/1‑143 (MQ=255) aTGGCAGGTCGTCACGGT‑AACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAGACGGTACGCCGGTAGACAGCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCGCGTATGAACATCGGTCAGATCCt < 2:511833/143‑1 (MQ=255) ttgCATGTCGTGAGGTT‑AATAAGGGTGTAATTTCTAATATCAAGCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 1:777487/141‑1 (MQ=255) gCAGGTCGTCACGGT‑AACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGa < 1:560194/143‑1 (MQ=255) aggaccccACGGT‑AACAAGGGTGGAATTTCTAAGAGCAACCCAATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACGTCGTACTGAACCAGCTGGGAGCACCGCATCGAAAGGACATCGGTCAGCTAGTCGaaa > 2:338732/8‑143 (MQ=255) 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< 1:493906/143‑1 (MQ=255) cgctgagaaGGGTGTCATTTCTACGAGCATCCCCATCGATGTTACTCCTTACGGCGACCACGGTACGCCGCTAGACATCGTACTCACCCTGCGTGCCCTACCCTCTCGTATGATCATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTgg < 2:847034/136‑1 (MQ=255) aaGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCGCGAAACCCGCCTGGGGATGGc > 2:86795/1‑143 (MQ=255) ggTGTATTTTCTAGCATCAACCCGATCGTACATATGTCTTAGGATGGAAACGCTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAATCCCACCTGGGTATGGCTGc < 2:722626/143‑1 (MQ=255) cgtgtAATCTCGAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGc < 1:864131/142‑1 (MQ=255) tgtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGATCAGATCCTCGCAACCCACCTGGCTCCGGCTGCgc > 2:207934/1‑142 (MQ=255) 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1:707567/1‑143 (MQ=255) tAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTCGACATCGTACTGGACCAGCGGGGCGTACCGTCGCGTAGGAACGTCGGTCAGACCCGCGAAACCCACCTGGGCATGGCTGCGAAAGGTAACg > 2:43844/1‑143 (MQ=255) aGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCggg > 1:883422/1‑142 (MQ=255) aGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGc > 2:838508/1‑143 (MQ=255) gATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGCATCGGCg > 1:753450/1‑143 (MQ=255) agcccactCGAAGATATGCCTTCCGGTGCAAGCGGTCCGCCGGTAGACCTCGTACTGAACCACCTGGGCGTACCGCCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACaa < 2:308502/136‑1 (MQ=255) 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1:665829/1‑143 (MQ=255) tGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACagcagc < 1:79533/143‑1 (MQ=255) gAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCGGAAACAgcagca > 1:484999/1‑143 (MQ=255) aaaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATAGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGGGAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCGGCAACAGGGGCaa > 1:101853/1‑143 (MQ=255) aaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaag > 1:918021/1‑143 (MQ=255) ccGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGaa > 1:881460/1‑143 (MQ=255) ggTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAAc < 1:796299/143‑1 (MQ=255) aTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGa > 1:804435/1‑143 (MQ=255) tCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGGATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCCGCAACAGCAGCAAGAAGTCCCGCACCCgcgcaga > 2:553599/1‑140 (MQ=255) gTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAtt < 2:209587/143‑1 (MQ=255) | GCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGT‑AACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATT > NC_000913/4184407‑4184675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |