Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,335,654 | T→A | 7.6% | intergenic (‑64/+40) | eptA ← / ← adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,335,654 | 0 | T | A | 7.6% | 138.5 / 3.7 | 53 | intergenic (‑64/+40) | eptA/adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/25); new base A (2/2); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.29e-01 |
AGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGAC > NC_000913/4335518‑4335796 | agaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTaa > 1:393055/1‑143 (MQ=255) atatAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAgg > 1:236243/1‑143 (MQ=255) atatAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAgg > 1:25996/1‑143 (MQ=255) tataAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGt < 2:439870/143‑1 (MQ=255) tataAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTAAACATAACGGTGTTTCCATCGGACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAgga > 2:741545/1‑142 (MQ=255) ataAAAAGCGGCCAACAATAGCAATGTCAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGtt < 2:701829/143‑1 (MQ=255) taAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACACAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTCAGTTCTTCAGGtcg > 1:328337/1‑141 (MQ=255) taAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTCAGGTTg > 2:882430/1‑143 (MQ=255) aaaaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTgg < 2:716585/143‑1 (MQ=255) aaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCt < 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2:832716/143‑1 (MQ=255) ttAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGc < 1:163344/143‑1 (MQ=255) gcgcTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAg < 2:274455/143‑1 (MQ=255) gcTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAggg > 1:301748/1‑143 (MQ=255) cTTCAGCATCACGGTGGGTTCATTGAACAACGTGCGCAGTTGCTCGCCAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTGTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGa < 2:40941/143‑1 (MQ=255) ttCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTAGACTCAGGTTTTGTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGag > 2:913667/1‑142 (MQ=255) aaCATCACGGTGGTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACg < 2:173314/143‑1 (MQ=255) aCATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATAAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACgg > 2:840183/1‑143 (MQ=255) ctCACCGTGTCTCCAGCGACAAAAGGGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTATGCCAACCTTAAGTACTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGt < 2:698991/142‑1 (MQ=255) aTCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGt > 1:895489/1‑143 (MQ=255) cACGGTGTTTCCATCGAAAAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGttt > 1:94691/1‑143 (MQ=255) cGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGttttt < 2:523622/143‑1 (MQ=255) cGGTGTCACCAACGAACACAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGttttt < 2:752700/143‑1 (MQ=255) aaaacaaaCAAAGTGAGCGTATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAATCTTAAGTGCTTAACGTTGGCTTTTATGGTTGCTGGATTAAGGTGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGcc < 2:807706/137‑1 (MQ=255) cATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGCCTACGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATCCGGGGTGTTATGTAGCCg > 2:294840/1‑143 (MQ=255) aTCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCGTCTAAGGGGTACGGGTTTTTCTGTAGCCgg > 2:750893/1‑143 (MQ=255) aTCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCGTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTGTGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCgg > 2:256193/1‑143 (MQ=255) cGAACAACGTTCGGATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTTTTATGGTTGGTTTTTATTTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGtt < 1:580907/143‑1 (MQ=255) cGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGtt < 2:114451/143‑1 (MQ=255) aaaGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAAt > 1:518003/1‑143 (MQ=255) tGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAg < 2:399199/143‑1 (MQ=255) gcaaagcaaaATTAAGCCAACCTTAAGTTCGTAAGGTTGGCTTTTAGGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCGTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCg < 1:188867/143‑1 (MQ=255) aacgcaaaATTAATCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTCTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGt < 1:140232/140‑1 (MQ=255) aTTTAGCCAACCTTTAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATTCATGGCGGTGATGACCa < 1:75358/143‑1 (MQ=255) gCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGC‑TTGAT‑TTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGATGCATCTAAGGGAGACGGGTGCTTATGTAGCCGGTTGTAATGCAGCGCAGACGTGGCGGTGATGACCATAAggga > 2:566451/1‑142 (MQ=25) ccAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAGTCTTTGCATATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAGTTCAGCGCATACATGGCGGTGAGGACCATGAggg > 1:51821/1‑143 (MQ=255) cAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGCTGACCATCAGGGt > 2:644349/1‑143 (MQ=255) ttCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGAc < 2:475368/143‑1 (MQ=255) | AGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGAC > NC_000913/4335518‑4335796 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |