| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,335,655 | T→A | 9.5% | intergenic (‑65/+39) | eptA ← / ← adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,335,655 | 0 | T | A | 9.5% | 132.4 / 7.1 | 53 | intergenic (‑65/+39) | eptA/adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/23); new base A (2/3); total (26/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.51e-02 | |||||||||||
AGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGAC > NC_000913/4335518‑4335796 | agaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTaa > 1:393055/1‑143 (MQ=255) atatAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAgg > 1:236243/1‑143 (MQ=255) atatAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAgg > 1:25996/1‑143 (MQ=255) tataAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGt < 2:439870/143‑1 (MQ=255) tataAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTAAACATAACGGTGTTTCCATCGGACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAgga > 2:741545/1‑142 (MQ=255) ataAAAAGCGGCCAACAATAGCAATGTCAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGtt < 2:701829/143‑1 (MQ=255) taAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACACAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTCAGTTCTTCAGGtcg > 1:328337/1‑141 (MQ=255) taAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTCAGGTTg > 2:882430/1‑143 (MQ=255) aaaaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTgg < 2:716585/143‑1 (MQ=255) aaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCt < 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2:832716/143‑1 (MQ=255) ttAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGc < 1:163344/143‑1 (MQ=255) gcgcTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAg < 2:274455/143‑1 (MQ=255) gcTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAggg > 1:301748/1‑143 (MQ=255) cTTCAGCATCACGGTGGGTTCATTGAACAACGTGCGCAGTTGCTCGCCAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTGTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGa < 2:40941/143‑1 (MQ=255) ttCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTAGACTCAGGTTTTGTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGag > 2:913667/1‑142 (MQ=255) 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2:523622/143‑1 (MQ=255) cGGTGTCACCAACGAACACAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGttttt < 2:752700/143‑1 (MQ=255) aaaacaaaCAAAGTGAGCGTATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAATCTTAAGTGCTTAACGTTGGCTTTTATGGTTGCTGGATTAAGGTGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGcc < 2:807706/137‑1 (MQ=255) cATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGCCTACGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATCCGGGGTGTTATGTAGCCg > 2:294840/1‑143 (MQ=255) aTCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCGTCTAAGGGGTACGGGTTTTTCTGTAGCCgg > 2:750893/1‑143 (MQ=255) aTCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCGTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTGTGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCgg > 2:256193/1‑143 (MQ=255) 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1:140232/140‑1 (MQ=255) aTTTAGCCAACCTTTAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATTCATGGCGGTGATGACCa < 1:75358/143‑1 (MQ=255) gCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGC‑TTGAT‑TTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGATGCATCTAAGGGAGACGGGTGCTTATGTAGCCGGTTGTAATGCAGCGCAGACGTGGCGGTGATGACCATAAggga > 2:566451/1‑142 (MQ=25) ccAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAGTCTTTGCATATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAGTTCAGCGCATACATGGCGGTGAGGACCATGAggg > 1:51821/1‑143 (MQ=255) cAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGCTGACCATCAGGGt > 2:644349/1‑143 (MQ=255) ttCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGAc < 2:475368/143‑1 (MQ=255) | AGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGAC > NC_000913/4335518‑4335796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |