| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,888,212 | Δ1 bp | 5.3% | intergenic (+20/‑223) | mnmE → / → tnaC | 5‑carboxymethylaminomethyluridine‑tRNA synthase GTPase subunit/tnaAB operon leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,888,212 | 0 | T | . | 5.3% | 441.7 / 15.3 | 132 | intergenic (+20/‑223) | mnmE/tnaC | 5‑carboxymethylaminomethyluridine‑tRNA synthase GTPase subunit/tnaAB operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/52); new base . (3/4); total (76/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
AGCCTGGGCAGGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACAT > NC_000913/3888063‑3888360 | gCCTGGGCAGGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCAtt < 1:872727/150‑1 (MQ=255) cTGGGCAGGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCt > 2:314277/1‑150 (MQ=255) ggCAGGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGAc > 1:251794/1‑150 (MQ=255) 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ctgctgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGc > 2:661875/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGc > 1:814558/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGc > 1:416009/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGc > 2:667507/1‑150 (MQ=255) gctgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCgg > 1:64649/1‑150 (MQ=255) 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tATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATAtt < 1:1350808/150‑1 (MQ=255) aTTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTg < 1:973287/150‑1 (MQ=255) aTTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTg > 1:726690/1‑150 (MQ=255) tGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCt > 2:640695/1‑150 (MQ=255) gtaagtaaCCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTcc > 2:883208/1‑150 (MQ=255) 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cgcgCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑TTGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGAt > 1:1032231/1‑150 (MQ=255) cTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATtgtg > 2:837277/1‑150 (MQ=255) ttACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTga < 2:1481596/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattc < 1:537559/150‑1 (MQ=255) taaGCCGCATTCTTACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTAATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattcg < 1:1470790/149‑1 (MQ=255) 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gCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTcac > 2:177159/1‑150 (MQ=255) aTTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACAt > 2:1019330/1‑150 (MQ=255) | AGCCTGGGCAGGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACAT > NC_000913/3888063‑3888360 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |