| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,035,144 | Δ1 bp | 6.0% | coding (79/708 nt) | hyaC → | hydrogenase 1 cytochrome b subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,035,144 | 0 | T | . | 6.0% | 212.4 / 6.7 | 67 | coding (79/708 nt) | hyaC | hydrogenase 1 cytochrome b subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/34); new base . (2/2); total (31/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.41e-01 | |||||||||||
ACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTG > NC_000913/1034996‑1035290 | acacGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGtt < 2:1311414/150‑1 (MQ=255) cacGTGCTGGGTGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTa > 1:490832/1‑150 (MQ=255) cGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAATGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATg < 2:1550686/150‑1 (MQ=255) gTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGc > 1:644071/1‑150 (MQ=255) tGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGCATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATgg > 1:832316/1‑150 (MQ=255) gacgacGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGgtg > 2:275217/1‑150 (MQ=255) gacgacGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGgtg < 1:821404/150‑1 (MQ=255) acgacgGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGgtgt < 1:115766/150‑1 (MQ=255) ggTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATg < 1:926668/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCAc > 1:1486439/1‑150 (MQ=255) aGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCg > 2:1640833/1‑150 (MQ=255) gCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCgg < 2:1475271/150‑1 (MQ=255) cTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGa < 1:219315/150‑1 (MQ=255) 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ccGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTa > 1:1665189/1‑150 (MQ=255) gTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATc > 1:1628370/1‑150 (MQ=255) tGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCg < 1:540388/150‑1 (MQ=255) gCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCgg > 1:4602/1‑150 (MQ=255) gTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGTCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGc < 1:1192791/150‑1 (MQ=255) 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cAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCgg < 2:954862/137‑1 (MQ=255) aGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTc > 1:1014028/1‑150 (MQ=255) gagaATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAg < 1:286242/150‑1 (MQ=255) catcatGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTG‑TATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCggcgag > 1:117053/1‑150 (MQ=255) atcatGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCggcgag < 1:362861/150‑1 (MQ=255) atcatGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCggcgag < 1:1381313/150‑1 (MQ=255) catGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCggcgaggc > 2:112425/1‑150 (MQ=255) tGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCggcgaggcga > 1:1079465/1‑150 (MQ=255) cAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCTGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACg < 1:1156174/150‑1 (MQ=255) cAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACg < 1:75983/150‑1 (MQ=255) 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cGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATggg < 1:275217/150‑1 (MQ=255) gTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGc < 1:813013/150‑1 (MQ=255) tGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTa > 2:814523/1‑150 (MQ=255) gTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTAc > 1:1321318/1‑150 (MQ=255) aGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATc < 1:1070096/150‑1 (MQ=255) 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aCTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCg < 2:391589/150‑1 (MQ=255) ggTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTgg > 1:939775/1‑150 (MQ=255) gTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGt < 2:352068/150‑1 (MQ=255) gTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGt < 2:1105375/150‑1 (MQ=255) gACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGGTGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGtttt < 1:1168155/150‑1 (MQ=255) gtgtTAAGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTg > 1:26131/1‑150 (MQ=255) | ACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTG > NC_000913/1034996‑1035290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |