Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 1,194,645:1 | +A | 5.1% | coding (307/654 nt) | rluE ← | 23S rRNA pseudouridine(2457) synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,194,645 | 1 | . | A | 5.1% | 401.5 / 15.7 | 99 | coding (307/654 nt) | rluE | 23S rRNA pseudouridine(2457) synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (46/48); new base A (2/3); total (48/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CGGCCATAACCACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGTCCGGCTTCATCGGTGA > NC_000913/1194496‑1194791 | cgGCCATAACCACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGttt < 2:917123/150‑1 (MQ=255) ggCCATAACCACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑a < 1:593937/150‑1 (MQ=255) ccATAACCACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑Acc < 1:388921/150‑1 (MQ=255) aaCCACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGc > 2:1432124/1‑150 (MQ=255) cACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTgg > 1:309627/1‑150 (MQ=255) gcgGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGTAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGtt < 2:1207070/150‑1 (MQ=255) cgGGTTCGCCAACCAGCTCCGCCCCGGCCGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTCCGCCATTCCGCAAGGCTTCAACTGCGTCTTGTGGGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGCGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTa < 2:724005/150‑1 (MQ=255) cGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAAcgcg > 2:542155/1‑150 (MQ=255) 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cAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAg > 1:1269653/1‑150 (MQ=255) ggTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 2:455389/1‑150 (MQ=255) ggCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc < 2:904445/145‑1 (MQ=255) ggCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:904445/1‑145 (MQ=255) gCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCaa > 1:484022/1‑150 (MQ=255) catcatTTAAGGTTACGCCAATGCTCAAGGCTACAATAGCGTAATGTGTTCGAATACATAAAACCAACACAAAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCCACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAccc > 2:924028/1‑150 (MQ=255) tcatTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCt > 2:323951/1‑150 (MQ=255) catTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCtt > 1:184482/1‑150 (MQ=255) ttACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATcgc < 2:824777/150‑1 (MQ=255) aCGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCgg < 1:494515/150‑1 (MQ=255) 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CGGCCATAACCACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGTCCGGCTTCATCGGTGA > NC_000913/1194496‑1194791 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |