| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3622402 = | 75 (0.790) | 4 (0.040) | 3/262 | NT | 5.3% | coding (3211/4236 nt) | rhsB | rhs element protein RhsB |
| ? | NC_000913 | 3622442 = | NA (NA) | coding (3251/4236 nt) | rhsB | rhs element protein RhsB | |||||
GACCACGATACAGAACGACAGGAGCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGA > NC_000913/3622293‑3622571 | gccagccagcggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcaccagcaccggcgggaacaccacactgccaccgtcttCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGa > 2:360273‑M1/110‑150 (MQ=255) cagccagcggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcaccagcaccggcgggaacaccacactgccaccgtcttCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAg > 2:189351‑M1/108‑150 (MQ=255) ccagcggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcaccagcaccggcgggaacaccacactgccaccgtcttCGCCGCCGCAGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAg > 1:644823‑M1/105‑150 (MQ=255) tACAGAACGACAGGAGCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTg < 1:1120443/150‑1 (MQ=255) cAGAACGACAGGAGCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGc > 2:265937/1‑150 (MQ=255) cggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcaccagcaccggcgggaacaccacactgccaccgtcttCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAg > 2:1411893‑M1/98‑150 (MQ=255) aaCGACAGGAGCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAgt > 1:1069308/1‑150 (MQ=255) cGACAGGAGCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAgtgt > 1:597088/1‑150 (MQ=255) cGACAGGAGCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAgtgt > 1:1503747/1‑150 (MQ=255) ggAGCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGgtgt > 2:1139477/1‑150 (MQ=40) ggAGCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGgtgt > 1:1558534/1‑150 (MQ=40) gAGCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGGCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGtt < 2:853020/150‑1 (MQ=255) cttcgaGACTATTTATCAGACGGGGCGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccgcc < 1:1109776/145‑1 (MQ=255) cATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccgcc < 1:612311/150‑1 (MQ=37) tCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCgg < 2:1227196/150‑1 (MQ=37) tCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCgg < 2:1221238/150‑1 (MQ=37) tCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCgg > 2:1116643/1‑150 (MQ=37) aGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTGCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCATTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGc < 2:259252/150‑1 (MQ=255) 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aTTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTg < 1:1116643/150‑1 (MQ=37) tATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAg > 1:1368386/1‑150 (MQ=37) aTCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 2:1465937/1‑150 (MQ=37) aTCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa < 1:685144/150‑1 (MQ=37) aTCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:325258/1‑150 (MQ=37) tCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGTCGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGAt > 1:1584257/1‑150 (MQ=37) cAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccgccgtg > 2:1405869/1‑135 (MQ=37) cAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccgccgtg < 1:1405869/137‑3 (MQ=37) aGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 2:805845/1‑150 (MQ=37) ggggAGCTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGa > 1:1018469/1‑150 (MQ=37) cTTCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCt > 1:95260/1‑150 (MQ=37) ttCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTg < 1:981771/150‑1 (MQ=37) tCACGCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTgg > 2:341062/1‑150 (MQ=37) gCCACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAg < 1:1667295/150‑1 (MQ=21) ccACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGt < 1:939225/150‑1 (MQ=37) cACTCATCAGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTg < 2:985158/150‑1 (MQ=37) catcaGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAt > 2:47175/1‑150 (MQ=37) tcaGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATcc < 2:1410108/150‑1 (MQ=37) caGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGCCCGGCTGGAAAGTGAAATCCt > 1:1052810/1‑150 (MQ=37) aGGGTCGAAACTGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGC‑‑‑AGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTg < 1:1336842/150‑1 (MQ=37) 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NC_000913/3622293‑3622571 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |