| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,647,672 | G→C | 6.2% | intergenic (+21/+33) | gor → / ← dinQ | glutathione reductase (NADPH)/UV inducible membrane toxin DinQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,647,672 | 0 | G | C | 6.2% | 382.5 / 12.7 | 112 | intergenic (+21/+33) | gor/dinQ | glutathione reductase (NADPH)/UV inducible membrane toxin DinQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/54); new base C (4/3); total (55/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GGCTTTGGTATGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATGCA > NC_000913/3647523‑3647820 | ggCTTTGGTATGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGagtag < 2:1092748/150‑1 (MQ=255) cTTTGGTATGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCTAGAAAAAAATACTTCGACAATAGCGTCGTCATTCAGCCTTGGGCGGCAGAAGAGTTGGTGACAATGCGTTTAATGTTAAAGGGCTAATAGTAgtg < 2:326054/150‑1 (MQ=255) cTTTGGTATGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAgtg < 2:781427/150‑1 (MQ=255) 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gagTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTa > 1:1493276/1‑150 (MQ=255) gTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTatc < 1:257470/150‑1 (MQ=255) tCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTatcaa < 2:470072/150‑1 (MQ=255) cGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTatcaat < 2:933445/150‑1 (MQ=255) tGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTatcaatca > 2:357001/1‑150 (MQ=255) tGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTatcaatca > 2:757264/1‑150 (MQ=255) cAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGATATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCAccc > 1:1563442/1‑150 (MQ=255) aaTGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCg < 2:597932/150‑1 (MQ=255) gCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGttt > 1:1563859/1‑150 (MQ=255) aaTGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCa > 2:1355246/1‑150 (MQ=255) gTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGc < 2:612324/150‑1 (MQ=255) gTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGc < 1:543296/150‑1 (MQ=255) aGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATgg < 2:51815/150‑1 (MQ=255) aGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTAATTAAGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCACTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATgg > 1:965112/1‑150 (MQ=255) aGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTAAATACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCGGTTTTCTCCATGCGATgg > 1:1531961/1‑150 (MQ=255) gCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGt > 2:840820/1‑150 (MQ=255) agagTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTgaga < 2:1057140/150‑1 (MQ=255) gagTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATCGCATGGAgaaaacg < 2:583822/150‑7 (MQ=255) gagTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATCGCATGGAgaaaacg < 1:609491/150‑7 (MQ=255) gtagtGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATg < 1:560708/150‑1 (MQ=255) agtGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATGCa > 1:673249/1‑150 (MQ=255) | GGCTTTGGTATGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATGCA > NC_000913/3647523‑3647820 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |