Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,647,674 | G→C | 6.2% | intergenic (+23/+31) | gor → / ← dinQ | glutathione reductase (NADPH)/UV inducible membrane toxin DinQ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,647,674 | 0 | G | C | 6.2% | 384.2 / 12.7 | 112 | intergenic (+23/+31) | gor/dinQ | glutathione reductase (NADPH)/UV inducible membrane toxin DinQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/54); new base C (4/3); total (55/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CTTTGGTATGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATGCATC > NC_000913/3647525‑3647822 | cTTTGGTATGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCTAGAAAAAAATACTTCGACAATAGCGTCGTCATTCAGCCTTGGGCGGCAGAAGAGTTGGTGACAATGCGTTTAATGTTAAAGGGCTAATAGTAgtg < 2:326054/150‑1 (MQ=255) cTTTGGTATGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAgtg < 2:1556550/150‑1 (MQ=255) cTTTGGTATGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAgtg < 2:781427/150‑1 (MQ=255) tttGGTATGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAgtgt < 2:439687/150‑1 (MQ=255) ggACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGTCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAg > 2:397354/1‑150 (MQ=255) gACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGc < 1:834477/150‑1 (MQ=255) gACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGc > 1:53483/1‑150 (MQ=255) aaaTGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCtt > 2:125858/1‑150 (MQ=255) aaaTGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCtt < 2:36875/150‑1 (MQ=255) gTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCtttaac < 1:27101/150‑5 (MQ=255) ttGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGTAACTAAAATTTACTTGGAAAATACCTTCGCAATTCACCATACGTCGGAAGAAGATTTCGTGTCAATTCGTTAAATTTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTa < 2:1339256/150‑1 (MQ=255) ttGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCACCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTa < 1:789146/150‑1 (MQ=255) gCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGtgtg > 1:53229/1‑131 (MQ=255) gCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGtgtg < 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gTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGc < 2:612324/150‑1 (MQ=255) aGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATgg < 2:51815/150‑1 (MQ=255) aGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTAATTAAGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCACTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATgg > 1:965112/1‑150 (MQ=255) aGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTAAATACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCGGTTTTCTCCATGCGATgg > 1:1531961/1‑150 (MQ=255) gCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGt > 2:840820/1‑150 (MQ=255) agagTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTgaga < 2:1057140/150‑1 (MQ=255) gagTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATCGCATGGAgaaaacg < 2:583822/150‑7 (MQ=255) gagTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATCGCATGGAgaaaacg < 1:609491/150‑7 (MQ=255) gtagtGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATg < 1:560708/150‑1 (MQ=255) agtGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATGCa > 1:673249/1‑150 (MQ=255) tgtgCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATGCATc < 2:1563442/150‑1 (MQ=255) | CTTTGGTATGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATGCATC > NC_000913/3647525‑3647822 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |