| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,647,676 | 0 | G | A | 8.0% | 339.3 / 14.2 | 112 | intergenic (+25/+29) | gor/dinQ | glutathione reductase (NADPH)/UV inducible membrane toxin DinQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/54); new base A (6/3); total (55/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATGCATCCG > NC_000913/3647533‑3647824 | tGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTa < 1:1659282/150‑1 (MQ=255) ggACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGTCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAg > 2:397354/1‑150 (MQ=255) gACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGc > 1:53483/1‑150 (MQ=255) 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gTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGc > 1:510710/1‑150 (MQ=255) gTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGc < 2:612324/150‑1 (MQ=255) gTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGc < 1:543296/150‑1 (MQ=255) aGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTAATTAAGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCACTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATgg > 1:965112/1‑150 (MQ=255) aGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTAAATACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCGGTTTTCTCCATGCGATgg > 1:1531961/1‑150 (MQ=255) gggCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGa > 2:329302/1‑150 (MQ=255) gCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGt > 2:840820/1‑150 (MQ=255) agagTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTgaga < 2:1057140/150‑1 (MQ=255) gagTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATCGCATGGAgaaaacg < 2:583822/150‑7 (MQ=255) gagTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATCGCATGGAgaaaacg < 1:609491/150‑7 (MQ=255) gtagtGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATg < 1:560708/150‑1 (MQ=255) agtGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATGCa > 1:673249/1‑150 (MQ=255) tgCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATGCATCCg > 2:66938/1‑150 (MQ=255) | TGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCTGAAGCAGAAAGCGGATCAGTTCCAGCAGCGCAATTAACGCCCCTAGAACGATGATTGCTTTATCAATCACCCGTTTTCTCCATGCGATGGAGTGAGAATGCATCCG > NC_000913/3647533‑3647824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |