Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,658,004 | A→G | 7.2% | noncoding (51/69 nt) | arrS ← | small regulatory RNA ArrS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,658,004 | 0 | A | G | 7.2% | 420.5 / 16.7 | 139 | noncoding (51/69 nt) | arrS | small regulatory RNA ArrS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/58); new base G (6/4); total (77/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
AAATAAGTAATCCGGGTTCA‑TTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATT > NC_000913/3657855‑3658152 | aaaTAAGTAATCCGGGTTCA‑TTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCa < 1:634217/150‑1 (MQ=255) aaTAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCa > 1:581481/1‑150 (MQ=255) aaGTAATCCGGGTTCA‑TTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTg < 1:520441/150‑1 (MQ=255) 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aaTCCGGGTTCA‑TTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAg > 1:1313000/1‑150 (MQ=255) aaTCCGGGTTCA‑TTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAg > 2:457614/1‑150 (MQ=255) aaTCCGGGTTCA‑TTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAg > 2:952531/1‑150 (MQ=255) aTCCGGGTTCA‑TTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATTGGATTGCCAGc < 1:1453532/150‑1 (MQ=255) aTCCGGGTTCA‑TTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATACAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGc < 1:1003052/150‑1 (MQ=255) 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1:912594/1‑150 (MQ=255) agCTGGCAATTGGATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACtttt > 1:787429/1‑150 (MQ=255) agCTGGCAATTGGATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACtttt > 2:1574225/1‑150 (MQ=255) gCTGGCAATTGGATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACttttt > 1:105131/1‑150 (MQ=255) gCTGGCAATTGGATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTAATCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACttttt > 2:268740/1‑150 (MQ=255) gCTGGCAATTGGATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATAATTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATACTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTCATAACTTATTATTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACttttt > 2:450857/1‑150 (MQ=255) 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cAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTAtt > 1:229514/1‑150 (MQ=255) | AAATAAGTAATCCGGGTTCA‑TTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATT > NC_000913/3657855‑3658152 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |