Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 3,794,973 | G→C | 6.4% | M15I (ATG→ATC) | waaF → | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,794,973 | 0 | G | C | 6.4% | 315.3 / 8.2 | 93 | M15I (ATG→ATC) | waaF | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/45); new base C (4/2); total (46/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TGACAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGA > NC_000913/3794825‑3795122 | tGACAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGGATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACatgatga < 2:119975/150‑1 (MQ=255) tGACAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACatgatga < 2:827817/150‑1 (MQ=255) cAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGt > 1:888475/1‑150 (MQ=255) aaaTCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTc < 1:1054411/150‑1 (MQ=255) aaTCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCg > 2:1434345/1‑150 (MQ=255) tGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCaaa > 2:616972/1‑150 (MQ=255) gcgcgcGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAg < 2:1437281/150‑1 (MQ=255) gcgcgcGGCGGGGTACGACAAACCGTTCAAAACCGGTGCTGAAGGTGAAACGGAATACCTGGCCTGGCGGAATCGCGACGCATAAGAGCGCTGCAGGAAAATACTGGCGATCGGCCCGTCTGGGGGGGGCGACATCATCATGTCGCcaac < 2:1620498/150‑2 (MQ=255) cgcgcgGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACatgatg < 2:905125/138‑1 (MQ=255) cgcgcgGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACatgatg > 1:905125/1‑138 (MQ=255) cgcgcgGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGt > 1:339108/1‑150 (MQ=255) cgcgcgGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATCATCATGTCGCcaacc < 2:1287414/150‑3 (MQ=255) gcgcgGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGtc < 2:137195/150‑1 (MQ=255) gTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCa > 1:591609/1‑150 (MQ=255) gTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCa < 2:455278/150‑1 (MQ=255) tACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACg > 2:416321/1‑150 (MQ=255) aCGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGc > 2:1543119/1‑150 (MQ=255) cGACAAACCGTTCGAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCt > 2:649655/1‑150 (MQ=255) 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aaaaCCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTAt > 1:248468/1‑150 (MQ=255) aaaaCCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTAt > 1:523957/1‑150 (MQ=255) aCCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATccc > 2:1268478/1‑150 (MQ=255) aCCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATccc < 1:914721/150‑1 (MQ=255) cGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCa < 2:1211434/150‑1 (MQ=255) tGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGC > 1:1177824‑M1/1‑150 (MQ=255) tGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGAT > 1:1443679‑M1/1‑150 (MQ=255) gAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATA < 1:1434345‑M1/150‑1 (MQ=255) aGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACT‑GTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATc > 2:139114/1‑150 (MQ=255) gtgtAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCg > 1:319569/1‑150 (MQ=255) 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cTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGc > 2:1176049/1‑150 (MQ=255) tGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTg > 1:1259885/1‑148 (MQ=255) tGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTg < 2:1259885/148‑1 (MQ=255) tGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGcc > 2:606146/1‑150 (MQ=255) gAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCg > 2:1430807/1‑150 (MQ=255) aTCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATaatggacggcaccatgccggtgccatcac > 1:1102844‑M1/1‑121 (MQ=255) aTCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTc > 2:7475/1‑150 (MQ=255) cgcgACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCa < 2:1305080/150‑1 (MQ=255) gcgACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCat > 2:321179/1‑150 (MQ=255) cgACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCatt > 1:104370/1‑150 (MQ=255) 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ctttgCGACATCATCATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAAGGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGt > 1:1479627/5‑150 (MQ=255) ctttgCGACATCATCATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGt > 1:1485562/5‑150 (MQ=255) ggCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCAc < 1:451414/150‑1 (MQ=255) ggCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCAc > 2:1601660/1‑150 (MQ=255) gCGACATCATCATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACg > 1:520695/1‑150 (MQ=255) 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gatgTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGa > 2:848558/1‑150 (MQ=255) gatgTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGa > 2:579357/1‑150 (MQ=255) | TGACAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGA > NC_000913/3794825‑3795122 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |