| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,815,108 | T→A | 6.3% | intergenic (+18/+19) | slmA → / ← pyrE | nucleoid occlusion factor SlmA/orotate phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,815,108 | 0 | T | A | 6.3% | 386.1 / 9.9 | 120 | intergenic (+18/+19) | slmA/pyrE | nucleoid occlusion factor SlmA/orotate phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/48); new base A (2/6); total (66/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CCTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTAATCACG > NC_000913/3814961‑3815255 | ccTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACtttt < 1:1199469/150‑1 (MQ=255) ctgctgGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTc > 1:1595182/1‑150 (MQ=255) tgctgGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCa < 2:1093287/150‑1 (MQ=255) 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< 2:1290459/132‑1 (MQ=255) gCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGt < 1:531999/150‑1 (MQ=255) gCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGtgat < 2:1118445/150‑1 (MQ=255) gCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGtgat > 2:618048/1‑150 (MQ=255) cacaGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGtgatg < 2:928595/150‑1 (MQ=255) caGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTgatgat > 1:1107309/1‑150 (MQ=255) gTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATag > 1:690222/1‑150 (MQ=255) tGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATagag > 2:207982/1‑150 (MQ=255) tGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATagag < 2:76509/150‑1 (MQ=255) gCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAgaga > 1:332044/1‑150 (MQ=255) cAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGAt > 2:645423/1‑150 (MQ=255) aGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCTGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATc > 2:759180/1‑150 (MQ=255) gTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTctct < 1:1194684/107‑1 (MQ=255) gTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTctct > 2:1194684/1‑107 (MQ=255) tatGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACttt > 1:1468129/1‑150 (MQ=255) tatGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACttt < 2:85501/150‑1 (MQ=255) atGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTg > 2:519340/1‑150 (MQ=255) tGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGc < 2:39046/150‑1 (MQ=255) gCCGGATGAAAAGTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGtt > 2:485851/1‑150 (MQ=255) cGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGt < 2:355780/150‑1 (MQ=255) gATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTaa < 2:332044/150‑1 (MQ=255) tGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTAATc < 1:961889/150‑1 (MQ=255) tGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTAATc < 1:967648/150‑1 (MQ=255) tGACTTTTCATCCGGCGAGGTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTAATc < 2:461601/150‑1 (MQ=255) gACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTAATCa < 1:207982/150‑1 (MQ=255) cTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTAATCACg < 1:1538489/150‑1 (MQ=255) | CCTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTAATCACG > NC_000913/3814961‑3815255 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |