| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,888,219 | T→A | 5.1% | intergenic (+27/‑216) | mnmE → / → tnaC | 5‑carboxymethylaminomethyluridine‑tRNA synthase GTPase subunit/tnaAB operon leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,888,219 | 0 | T | A | 5.1% | 451.1 / 9.8 | 137 | intergenic (+27/‑216) | mnmE/tnaC | 5‑carboxymethylaminomethyluridine‑tRNA synthase GTPase subunit/tnaAB operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/57); new base A (3/4); total (76/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
GGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAA > NC_000913/3888073‑3888368 | ggTGAACTTCTCGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGATAAGTCACCGGTGAATTTACTTAAGACGACCTGCTGGGGAGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAAACGCTCTTACGAAGCCGCATTCTGCCTGta > 2:973287/1‑149 (MQ=255)ggTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTc > 2:1387939/1‑150 (MQ=255)ggTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTc > 2:75204/1‑150 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aaCTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑At > 1:1597498/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGc > 2:661875/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGc > 1:814558/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGc > 1:416009/1‑150 (MQ=255) gctgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCgg > 1:1380275/1‑150 (MQ=255) 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cTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATtgtg > 2:837277/1‑150 (MQ=255) ttACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTga < 2:1481596/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattc < 1:66463/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattc < 1:537559/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattc > 1:1209693/1‑150 (MQ=255) 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tCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACAttt < 2:61698/150‑1 (MQ=255) cTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTa < 2:814558/150‑1 (MQ=255) tGACTGTCAG‑ATGCTGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTTCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTaa < 1:1387939/150‑1 (MQ=255) aCTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAAc < 1:931937/150‑1 (MQ=255) cTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACa > 2:442717/1‑150 (MQ=255) tGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACaa > 1:736697/1‑150 (MQ=255) tGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACaa > 1:1168250/1‑150 (MQ=255) | GGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAA > NC_000913/3888073‑3888368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |