Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,270,142 | G→A | 9.2% | intergenic (+15/‑96) | aphA → / → yjbQ | acid phosphatase/phosphotransferase/UPF0047 protein YjbQ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,270,142 | 0 | G | A | 9.2% | 252.6 / 9.6 | 86 | intergenic (+15/‑96) | aphA/yjbQ | acid phosphatase/phosphotransferase/UPF0047 protein YjbQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/38); new base A (4/4); total (44/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GATAATGATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGTTTCATCT > NC_000913/4269993‑4270290 | gATAATGATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCg > 1:854535/1‑150 (MQ=255) gATAATGATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCg < 2:968857/150‑1 (MQ=255) aTGATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGAt < 1:401093/150‑1 (MQ=255) aTGATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGAt > 2:1302490/1‑150 (MQ=255) tGATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAATCGGGTGCGTTTGGGGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATg < 2:1149394/150‑1 (MQ=255) gATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGTGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGTGAGAGCGTGATGc < 2:221609/150‑1 (MQ=255) tatTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGctc > 2:658766/1‑150 (MQ=255) ttACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCtctc > 1:1209581/1‑150 (MQ=255) ttACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCtctc > 1:1631662/1‑150 (MQ=255) tACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTcc < 2:184406/150‑1 (MQ=255) aCCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCATCACGCTCTccc < 1:1525015/150‑1 (MQ=255) ccgccgCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCATCACGCTCTCCCg < 2:770085/150‑1 (MQ=255) ccgcACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCATCACGCTCTCCCgctc < 1:1543729/150‑4 (MQ=255) ccgcACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCATTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCATCACGCTCTCCCgctc < 2:1062418/150‑4 (MQ=255) cgcACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATg < 1:437129/150‑1 (MQ=255) cACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCt > 2:757177/1‑150 (MQ=255) gTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGttttttt < 1:1562435/150‑1 (MQ=255) gTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGttttttt < 1:658781/150‑1 (MQ=255) tCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTTCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTa < 2:682150/150‑1 (MQ=255) cGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTaa > 2:572885/1‑150 (MQ=255) tCGTGGTATCCGCATTCTCTGCGCCTTCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCacac > 2:977558/1‑150 (MQ=255) cGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACAcc < 2:326903/150‑1 (MQ=255) ggTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCttt < 2:156436/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |