Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,447,964 | T→A | 8.3% | L24* (TTA→TAA) | ytfP → | gamma‑glutamylamine cyclotransferase family protein YtfP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,447,964 | 0 | T | A | 8.3% | 293.6 / 13.3 | 96 | L24* (TTA→TAA) | ytfP | gamma‑glutamylamine cyclotransferase family protein YtfP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/41); new base A (6/2); total (53/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
GATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCACCAGGG > NC_000913/4447816‑4448110 | gATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTa > 1:712161/1‑150 (MQ=255) cTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTggg > 1:215256/1‑150 (MQ=255) aaGCTGTATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCg > 2:256206/1‑150 (MQ=255) aaGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCg > 2:105002/1‑150 (MQ=255) cTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTATGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTAACTGGGcattg < 2:1076718/150‑5 (MQ=255) atCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAg > 2:1166631/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTa < 2:542565/150‑1 (MQ=255) tGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTAACTGGGcattggt < 2:1319921/145‑7 (MQ=255) tGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTAACTGGGcattggt > 1:1319921/1‑139 (MQ=255) ggAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATc > 1:1252942/1‑150 (MQ=255) ggAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATc > 1:1201325/1‑150 (MQ=255) aGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGAt < 2:768987/150‑1 (MQ=255) gCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATa < 2:418069/150‑1 (MQ=255) 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> 1:800158/1‑150 (MQ=255) tgtAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTg > 1:652168/1‑150 (MQ=255) gtAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGt < 2:1567480/150‑1 (MQ=255) tAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGta < 1:1166631/150‑1 (MQ=255) tAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGta < 2:844014/150‑1 (MQ=255) gACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGtata > 2:803024/1‑150 (MQ=255) 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tGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATGACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATcc > 1:533636/1‑150 (MQ=255) gCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCa > 1:551974/1‑150 (MQ=255) gCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCa < 2:269888/150‑1 (MQ=255) tctATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCTGTTTACGCGACAAACAAGTCAACAGTCACTGGATTACCTATGCGCAGTTACTGGGCGATTTCAGTTTCCATAAGTACGATTCGTATAGCCTGGGCCACTATCCAgg < 2:977439/150‑1 (MQ=255) tctATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAgg > 2:437424/1‑150 (MQ=255) 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cAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACa < 2:957971/134‑1 (MQ=255) cAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGa > 1:901862/1‑150 (MQ=255) gTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGTCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAAc < 1:105002/150‑1 (MQ=255) gTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCg > 1:473580/1‑147 (MQ=255) gTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCg < 2:473580/147‑1 (MQ=255) tCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACt < 1:816306/150‑1 (MQ=255) tGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGAt < 1:259083/150‑1 (MQ=255) ggATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATg < 2:1566221/150‑1 (MQ=255) gATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGc < 2:551974/150‑1 (MQ=255) gATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGc < 1:1015586/150‑1 (MQ=255) aTGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGACTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGcc < 2:1239089/150‑1 (MQ=255) tGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGCACGGTACCCGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCCCGCTGGCCGAACTTGATGCCt > 2:1072273/1‑150 (MQ=255) tgaaatcgCCCAGTAACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCtt > 1:881905/8‑150 (MQ=255) gaaatcgCCCAGTAACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTg > 2:1005929/7‑150 (MQ=255) aCCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTg < 1:1194817/150‑1 (MQ=255) cAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTgcg < 2:86162/150‑1 (MQ=255) atcgCCCAGTAACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTgcgc > 1:33849/4‑150 (MQ=255) atcgCCCAGTAACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTgcgc > 2:1427972/4‑150 (MQ=255) aaTGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTgcgc < 1:437424/150‑1 (MQ=255) aTGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCa > 2:1489175/1‑150 (MQ=255) cccAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCACCa > 2:1529263/1‑150 (MQ=255) aGTAACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCACCAggg > 1:78816/1‑150 (MQ=255) | GATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCACCAGGG > NC_000913/4447816‑4448110 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |