Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,552,845 | G→A | 7.9% | intergenic (+25/‑56) | uxuA → / → uxuB | D‑mannonate dehydratase/D‑mannonate oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,552,845 | 0 | G | A | 7.9% | 348.2 / 12.9 | 115 | intergenic (+25/‑56) | uxuA/uxuB | D‑mannonate dehydratase/D‑mannonate oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/55); new base A (3/6); total (53/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CAGATGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCATTGTGCATCTCGGTTGCGG > NC_000913/4552698‑4552992 | caGATGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTg > 1:381947/1‑150 (MQ=255) aGATGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGc > 2:1235512/1‑150 (MQ=255) gATGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGTCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGAATGTCTGCGC‑GCCGTGcg < 2:1546784/150‑2 (MQ=255) tGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCgg > 2:1195539/1‑150 (MQ=255) tGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCgg > 2:1201388/1‑150 (MQ=255) tGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCACGGC‑GCGCAGCCATGCCgg < 2:1522691/150‑1 (MQ=255) tGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGCTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCACGGC‑GCGCAGCCATGCCgg < 1:1005469/150‑1 (MQ=255) gCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCTGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCACGGC‑GCGCAGCCATGCCGGt < 2:450372/150‑1 (MQ=255) gCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCACGGC‑GCGCAGCCATGCCGGt < 2:1384089/150‑1 (MQ=255) tGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTc > 1:1050948/1‑150 (MQ=255) tGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCACGGC‑GCGCAGCCATGCCGGtgg < 1:275256/150‑3 (MQ=255) ggACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGtt > 1:812793/1‑148 (MQ=255) ggACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGtt < 2:812793/148‑1 (MQ=255) 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agaaAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGt > 1:1420493/1‑150 (MQ=255) agaaAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGt > 1:1537410/1‑150 (MQ=255) agaaAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGt > 1:96882/1‑150 (MQ=255) gaaAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTc > 1:1361217/1‑150 (MQ=255) aaaCCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCAc > 1:1645417/1‑150 (MQ=255) 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2:1432961/1‑122 (MQ=255) tttAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATtctc > 2:1671968/1‑150 (MQ=255) cGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATgg < 2:725427/134‑1 (MQ=255) cGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATgg > 1:725427/1‑134 (MQ=255) aaTATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATc < 2:852372/150‑1 (MQ=255) atatCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCa < 1:661143/150‑1 (MQ=255) tatCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCAc > 1:852988/1‑150 (MQ=255) tatCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCAc < 2:1615689/150‑1 (MQ=255) gaaCCGGCACGGC‑GCGCAGCCATGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCa > 1:616842/3‑150 (MQ=255) gaaCCGGCACGGC‑GCGCAGCCATGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCa > 1:174462/3‑150 (MQ=255) ccACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCa < 1:16710/150‑1 (MQ=255) ccACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCa > 2:883427/1‑150 (MQ=255) cACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCAt > 1:906876/1‑150 (MQ=255) aaCCGGCACGGC‑GCGCAGCCATGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCAt > 2:395666/2‑150 (MQ=255) aCCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCAtt > 1:75933/1‑150 (MQ=255) ccGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCATtg > 1:1333538/1‑150 (MQ=255) 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ccGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCATTGTGCATCTCGGTTGCgg < 1:1373504/150‑1 (MQ=255) | CAGATGCTGGACGACCTGAAGAAGAAAACCAACCCAGGTTACTCCGCAATTGGTCGTCTGAAAGGCCTGGCCGAAGTTCGCGGTGTCGAACTGGCGATCCAGCGCGCTTTCTTTAGCCGTTAATATCCACCGGCATGGCTGCGC‑GCCGTGCCGGTTCCTTCTTCCTTGCCGTCACTCTTTGAAGACGGATTCTGGAGTTTACGATGACTACTATTGTTGACAGCAATCTGCCGGTTGCCCGCCCGTCATGGGATCATTCTCGTCTGGAATCACGCATTGTGCATCTCGGTTGCGG > NC_000913/4552698‑4552992 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |