Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 622,455 | G→C | 7.2% | W52C (TGG→TGC) | entS → | enterobactin exporter EntS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 622,455 | 0 | G | C | 7.2% | 323.7 / 12.6 | 97 | W52C (TGG→TGC) | entS | enterobactin exporter EntS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/46); new base C (5/2); total (49/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.97e-01 |
AAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAA > NC_000913/622306‑622604 | aaaCAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTgg > 2:1437791/1‑150 (MQ=255) aaCAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGc > 2:567903/1‑150 (MQ=255) aCAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCa < 1:1400864/150‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTggg < 1:98706/150‑1 (MQ=255) tGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGTGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTgggg < 2:936467/150‑1 (MQ=255) ctgctTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCtt < 1:1008248/150‑1 (MQ=255) gctTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTc > 2:974060/1‑150 (MQ=255) ctTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGCTGACGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGAGGGGCTTTCg > 2:1638200/1‑150 (MQ=255) 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aGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTg > 2:1399673/1‑150 (MQ=255) tgatgaCACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCt < 1:817173/150‑1 (MQ=255) gaaagccccACCTGCCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCAtt > 2:378349/8‑150 (MQ=255) acacATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCAtt < 2:237368/150‑1 (MQ=255) acacATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCAtt > 2:1152504/1‑150 (MQ=255) acaTTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTgg < 1:1518758/150‑1 (MQ=255) acaTTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTgg < 2:401317/150‑1 (MQ=255) acaTTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTgg < 1:1399673/150‑1 (MQ=255) aagccccACCTGCCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTgg > 2:351064/6‑150 (MQ=255) gccccACCTGCCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGAc > 1:715197/4‑150 (MQ=255) gccccACCTGCCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGAc < 1:351064/147‑1 (MQ=255) gccccACCTGCCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGAc > 1:1304532/4‑150 (MQ=255) aTTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGAc > 1:1304010/1‑150 (MQ=255) aTTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGAc > 2:983827/1‑150 (MQ=255) aTTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGAc < 1:110825/150‑1 (MQ=255) aTTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGAc > 1:230573/1‑150 (MQ=255) tCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACtg < 1:1045663/150‑1 (MQ=255) tGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCtt < 1:278965/150‑1 (MQ=255) gCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTaa < 1:874060/150‑1 (MQ=255) | AAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGC‑AAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAA > NC_000913/622306‑622604 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |