Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 773,553 | T→C | 5.9% | L171P (CTG→CCG) | cydB → | cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 773,553 | 0 | T | C | 5.9% | 258.1 / 4.6 | 84 | L171P (CTG→CCG) | cydB | cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/35); new base C (3/2); total (47/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGT > NC_000913/773407‑773700 | cATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCTGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGc < 1:623322/150‑1 (MQ=255) cTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAgg < 1:1155977/150‑1 (MQ=255) ggTAGCTGCGTTCCGCGGCTGGTAATTGGTTTAGCGCTCGGTAACCTGTTGCACGGCGTACCGTTCCACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGAAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCCAGCAGGccgaacg < 2:620765/150‑7 (MQ=255) gTAGCTTCGTTCCGCCGCTGTTAATTTTTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCCAGCAGGccgaacgg < 1:1624299/150‑8 (MQ=255) gTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGa < 1:505136/150‑1 (MQ=255) aGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGc < 1:820242/150‑1 (MQ=255) gCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg > 1:1583286/1‑150 (MQ=255) tCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAg > 1:194377/1‑150 (MQ=255) 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ccgccgCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgatg > 2:1275147/1‑150 (MQ=255) cgccgcTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATCAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgatga < 2:1089232/150‑1 (MQ=255) cTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCAtt > 1:712966/1‑150 (MQ=255) ggTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTAc < 2:185398/150‑1 (MQ=255) gTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACt < 1:602178/150‑1 (MQ=255) 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cccGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGc < 1:785935/150‑1 (MQ=255) tcaccacgCCTGCCAGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCa > 1:1484220/8‑150 (MQ=255) cGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCAc > 1:1606397/1‑150 (MQ=255) accacgCCTGCCAGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCAct > 2:1506292/6‑150 (MQ=255) ttCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCActg > 1:1044285/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCActggctgg < 1:1106139/150‑1 (MQ=255) tgctgGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCg < 2:1231828/150‑1 (MQ=255) gctgGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGt < 1:230794/150‑1 (MQ=255) gctgGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGt < 1:224649/150‑1 (MQ=255) | CATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGT > NC_000913/773407‑773700 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |