Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 830,669 | A→T | 5.6% | intergenic (‑26/‑203) | cecR ← / → rhlE | DNA‑binding transcriptional dual regulator CecR/ATP‑dependent RNA helicase RhlE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 830,669 | 0 | A | T | 5.6% | 396.9 / 7.9 | 122 | intergenic (‑26/‑203) | cecR/rhlE | DNA‑binding transcriptional dual regulator CecR/ATP‑dependent RNA helicase RhlE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/53); new base T (4/3); total (66/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GCCTGGGCGGCTATCTCGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTT > NC_000913/830522‑830818 | gCCTGGGCGGCTATCTCGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAAtgatt < 1:1038509/150‑1 (MQ=255) gCCTGGGCGGCTATCTCGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAAtgatt < 1:37531/150‑1 (MQ=255) gCCTGGGCGGCTATCTCGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAAtgatt < 2:1458932/150‑1 (MQ=255) gggCGGCTATCTCGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATgattgatt > 1:1602960/1‑150 (MQ=255) gggCGGCTATCTCGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATgattgatt < 2:600097/150‑1 (MQ=255) ggcggcTATCTCGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTa < 2:305586/150‑1 (MQ=255) gcTATCTCGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGAt > 2:1185579/1‑150 (MQ=255) cTATCTCGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAATCATTTGATTAAGaat < 2:1494149/150‑3 (MQ=255) tATCTCGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAATCATTTGATTAAGaatg < 2:716799/150‑4 (MQ=255) tATCTCGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTa > 1:563567/1‑150 (MQ=255) ctcGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTAATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGa > 2:685772/1‑150 (MQ=255) ctcGCGACTGCTGCAGATCATTCCATATTCAACAAACTGCGCCAGAGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCATGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGa > 2:230000/1‑150 (MQ=255) tcGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGAc > 1:507037/1‑150 (MQ=255) tcGCGAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGAc > 1:1199817/1‑150 (MQ=255) cgcgAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACt > 1:1442910/1‑150 (MQ=255) cgcgAGTGGTGGCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACt > 1:1100583/1‑150 (MQ=255) gtggCGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAggg < 1:1518137/150‑1 (MQ=255) cGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGt > 1:1055955/1‑150 (MQ=255) cGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGt > 2:843781/1‑150 (MQ=255) cGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGt < 2:1442910/150‑1 (MQ=255) cGTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGt < 2:1338815/150‑1 (MQ=255) gTTCATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGACTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGtt > 2:1191951/1‑150 (MQ=255) cATTCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTc > 2:56962/1‑150 (MQ=255) tCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAg < 1:1008798/150‑1 (MQ=255) tCCATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAg < 1:808715/150‑1 (MQ=255) ccATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGt < 1:181532/150‑1 (MQ=255) ccATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGt > 2:331279/1‑150 (MQ=255) ttCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGc > 1:327259/1‑150 (MQ=255) 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1:120653/130‑1 (MQ=255) ccAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAg > 2:553902/1‑150 (MQ=255) ccAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAg < 1:849129/150‑1 (MQ=255) ccAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAg < 2:1147716/150‑1 (MQ=255) tGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAAtttt < 1:1433824/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTa < 1:1140787/150‑1 (MQ=255) ggCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAg > 2:860858/1‑150 (MQ=255) ggCAGCAATCAGATGTATTTTCGACTGTTCACCCTAGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATACTTAATCAAATCATAGATTAAGATTATGACTCCAAAGGGGAGTTGTCAAGTAAGCCTAAGAATTTAAGCAACGCCAg > 2:1596913/1‑150 (MQ=255) gcagcaATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGt > 2:1642045/1‑150 (MQ=255) cagcaATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTc < 1:553902/150‑1 (MQ=255) agcaATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTca > 1:1475611/1‑150 (MQ=255) gcaATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTcac < 2:916204/150‑1 (MQ=255) gcaATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTcac < 2:201001/150‑1 (MQ=255) aaTCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAg < 2:387568/150‑1 (MQ=255) aaTCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAg < 1:1493532/150‑1 (MQ=255) aaTCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAg < 2:563567/150‑1 (MQ=255) tCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAggg < 2:1100583/150‑1 (MQ=255) aGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGAt > 1:123221/1‑150 (MQ=255) cTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCCGTCACAGGGATaa > 2:1234833/1‑150 (MQ=255) cTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATaa > 2:642862/1‑150 (MQ=255) ttttCGCCTGTTCACCCTTGATGGTCATGGCAGGATTATTAATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGAATAACATTATGCCTCCATAGGGGAATTTTCCAGTATGCCTAATAATTTTAGCAAAGGCACTCACAGCGATAATTTAt > 2:1463274/1‑150 (MQ=255) 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attattCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTcc < 1:1309049/145‑1 (MQ=255) ttattCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTccc > 2:1001038/1‑150 (MQ=255) ttattCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTccc < 1:745503/150‑1 (MQ=255) attCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTc < 2:123221/150‑1 (MQ=255) attCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTc < 1:12170/150‑1 (MQ=255) attCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTc < 1:519044/150‑1 (MQ=255) attCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTc < 2:327259/150‑1 (MQ=255) cATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCACCGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAACAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATg > 2:1355621/1‑150 (MQ=255) cATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATg > 2:673764/1‑150 (MQ=255) aTCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGa > 2:1343964/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |