| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,030,720 | C→T | 5.4% | intergenic (‑52/+39) | tusE ← / ← yccA | sulfur transfer protein TusE/modulator of FtsH protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,030,720 | 0 | C | T | 5.4% | 356.3 / 5.4 | 111 | intergenic (‑52/+39) | tusE/yccA | sulfur transfer protein TusE/modulator of FtsH protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/50); new base T (3/3); total (58/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CTGCAATCACCACAGCCAGCGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCACGAATATAGTTCGTCTCACCGCCAT > NC_000913/1030572‑1030865 | ctGCAATCACCACAGCCAGCGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGcccc > 2:660963/1‑150 (MQ=255) tGCAATCACCACAGCCAGCGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCg < 2:931312/150‑1 (MQ=255) tGCAATCACCACAGCCAGCGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCg > 1:1215874/1‑150 (MQ=255) caccacAGCCAGCGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATaaa > 1:422690/1‑150 (MQ=255) caccacAGCCAGCGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATaaa > 1:1000271/1‑150 (MQ=255) caccacAGCCAGCGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATaaa > 2:1638012/1‑150 (MQ=255) accacAGCCAGCGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAg > 1:1425779/1‑150 (MQ=255) accacAGCCAGCGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTAACTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAg > 2:1061962/1‑150 (MQ=255) ccacAGCCAGCGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGc > 1:1004279/1‑150 (MQ=255) acaGCCAGCGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGa < 1:247753/150‑1 (MQ=255) cagccagcGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAg > 1:178873/1‑150 (MQ=255) gccagcGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGc > 2:232953/1‑150 (MQ=255) cagcGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTa < 2:422690/150‑1 (MQ=255) agcGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCTCGCTTTATGCGGGGCttt < 1:164405/150‑3 (MQ=255) agcGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTAt > 1:1065203/1‑150 (MQ=255) ggCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGaa > 2:1202696/1‑150 (MQ=255) ggCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGaa > 1:945603/1‑150 (MQ=255) gCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGc > 2:312994/1‑138 (MQ=255) 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cACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAACCCTCGCTTTATGCGGGGCTTTgtttttt < 1:910024/150‑7 (MQ=255) cTCCGCTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGtt < 2:1643268/150‑1 (MQ=255) cTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGGGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGtt < 2:439312/150‑1 (MQ=255) cTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGtt > 1:1664856/1‑150 (MQ=255) cTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGtt < 2:1663949/150‑1 (MQ=255) cTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGtt < 1:534315/150‑1 (MQ=255) ccACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAg < 1:232953/150‑1 (MQ=255) aCTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCg < 2:46149/150‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCgg > 2:1011540/1‑150 (MQ=255) tGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCggg < 2:1568902/150‑1 (MQ=255) 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ccTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAg < 2:217189/148‑1 (MQ=255) ccTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAg > 1:217189/1‑148 (MQ=255) ccTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCg < 1:137494/150‑1 (MQ=255) cTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGa < 1:290722/150‑1 (MQ=255) cTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGa < 2:1000271/150‑1 (MQ=255) ttCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGaa < 2:1375861/150‑1 (MQ=255) cGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGc < 2:216840/150‑1 (MQ=255) gTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGccc < 2:939313/150‑1 (MQ=255) tATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTcag > 1:823657/1‑150 (MQ=255) tctcTTTACCCTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTcagca < 1:174391/150‑1 (MQ=255) 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cAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTg > 2:894258/1‑140 (MQ=255) aCAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGAtg > 1:1202338/1‑103 (MQ=255) aCAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGAtg < 2:1202338/103‑1 (MQ=255) aCAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCACGAATATAGTTCGt > 1:166054/1‑150 (MQ=255) cAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCACGAATATAGTTCGtc < 2:252850/150‑1 (MQ=255) cAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCACGAATATAGTTCGtc > 1:720776/1‑150 (MQ=255) cAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCACCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCACGAATATAGTTCGtc > 1:1264771/1‑150 (MQ=255) aaaaaaCAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCa < 2:699001/134‑1 (MQ=255) aaaaaaCAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCa > 1:699001/1‑134 (MQ=255) aaaaaCAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCACGAATATAGTTCGtctc > 1:790504/1‑150 (MQ=255) aaaaaCAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGCGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCTGCAGCCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCACGAATATAGTTCGtctc > 1:1065850/1‑150 (MQ=255) ctttcataGCCTCGCTTTATGCGGGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCACGAATATAGTTCGTCTCa > 2:135925/8‑150 (MQ=255) ataGCCTCGCTTTATGCGGGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCACGAATATAGTTCGTCTCACCGcc > 1:662823/3‑150 (MQ=255) ataGCCTCGCTTTATGCGGGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCACGAATATAGTTCGTCTCACCGcc > 1:1534501/3‑150 (MQ=255) aGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCACGAATATAGTTCGTCTCACCGCCat > 1:1027433/1‑150 (MQ=255) aGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCACGAATATAGTTCGTCTCACCGCCat > 1:552023/1‑150 (MQ=255) | CTGCAATCACCACAGCCAGCGGCTCACTCCACTGGCTGCTTTCTTTGAGATAGCCTTCGGTATCCGTTTCTATCTCTTTACCTTCGAAGATCAGCATAATTATTACTACCTTAATCAGACTGGCGGCAGTGTAACAAAAAACAAAGCCCCGCATAAAGCGAGGCTATGAAAGTGTTAGCGGGTGAGATTAATCGCGGCTAGCGAAGCCCAGAATGCTCAGCAGGCTGACGAAGATGTTGTACAGCGAAACATACAGGCTAACCGTGGCACGAATATAGTTCGTCTCACCGCCAT > NC_000913/1030572‑1030865 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |