| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,038,390 | A→G | 6.4% | L217L (TTA→TTG) | appC → | cytochrome bd‑II ubiquinol oxidase subunit I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,038,390 | 0 | A | G | 6.4% | 285.4 / 7.4 | 93 | L217L (TTA→TTG) | appC | cytochrome bd‑II ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/50); new base G (2/4); total (39/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
ATGACCAGCTTCAGCGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTACTCTGGCGATTATCGGTACCCTGCAACTCGGAGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACC > NC_000913/1038241‑1038536 | gtGACCAGCTTCAGCGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTa < 1:125318/149‑1 (MQ=255) ccAGCTTCAGCGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCt < 1:938101/150‑1 (MQ=255) aGCTTCAGCGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGTAATGCGACATTGCGCTcc < 2:13382/150‑2 (MQ=255) aGCTTCAGCGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGTAATGCGACATTGCGCTcc < 2:40358/150‑2 (MQ=255) cTTCAGCGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGtt < 2:456242/150‑1 (MQ=255) ttCAGCGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGttt < 2:224810/150‑1 (MQ=255) cAGCGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGc < 2:1342050/150‑1 (MQ=255) cAGCGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGc < 2:1355005/150‑1 (MQ=255) aGCGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGcc > 2:868755/1‑150 (MQ=255) gCGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCa > 1:1246597/1‑150 (MQ=255) cGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCAt > 2:821202/1‑150 (MQ=255) gAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATc < 1:1225928/150‑1 (MQ=255) aGCTGGTCTTTAATCCTGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCTGTGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGTAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCg > 2:1640823/1‑150 (MQ=255) aGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCg < 2:792103/150‑1 (MQ=255) gCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCgg > 2:695181/1‑150 (MQ=255) ggTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTc < 1:1295918/150‑1 (MQ=255) ggTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTc < 1:684368/150‑1 (MQ=255) ggTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTc < 2:1593704/150‑1 (MQ=255) 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2:655769/1‑128 (MQ=255) tCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTActc < 1:665888/150‑1 (MQ=255) tCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTActc < 1:868755/150‑1 (MQ=255) cAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTActct < 1:572015/150‑1 (MQ=255) gCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTACTCTgg > 1:792758/1‑150 (MQ=255) ggTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCGTCGGTTCCGTCTTCGGTACTCTGGCGAt > 2:599365/1‑150 (MQ=255) 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cgAGCGTAATGCGACATTGCGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTACTCTGGCGATTATCGGTACCCTGCAACTCGGAGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCa > 1:376302/2‑150 (MQ=255) gcgcAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTACTCTGGCGATTATCGGTACCCTGCAACTCGGAGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACGGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAAc < 1:977270/150‑1 (MQ=255) gcAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTACTCTAGCGATTATCGGTACCCTGCAACTCGGAGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACgg > 1:786324/1‑150 (MQ=255) aaaTGTCGCATTACGCTCGTTTTCCATCGTTTCCGTCTTCGGTACTCTTGCTATTATCGGTACCCTGCAACTCGGAGACAGTTCTGCGTATGTAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAATCTGGCGGAGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGa < 2:1246597/149‑1 (MQ=255) tGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTACTCTGGCGATTATCGGTACCCTGCAACTCGGAGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAacc < 2:792758/150‑1 (MQ=255) tGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTACTCTGGCGATTATCGGTACCCTGCAACTCGGAGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAacc < 2:1125935/150‑1 (MQ=255) tGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTCAGTCTTCGGTACTCTGGCGATTATCGGTACCCTGCAACTCGGAGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAacc < 1:1469199/150‑1 (MQ=255) tCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTACTCTGGCGATTATCGGTACCCTGCAACTCGGAGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAacctg < 1:748492/150‑1 (MQ=255) tCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTACTCTGGCGATTATCGGTACCCTGCAACTCGGAGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAacctg > 1:525461/1‑150 (MQ=255) aTTGCGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTACTCTGGCGATTATCGGTACCCTGCAACTCGGAGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAacctgcacc < 2:376302/150‑1 (MQ=255) | ATGACCAGCTTCAGCGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCTCGTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTACTCTGGCGATTATCGGTACCCTGCAACTCGGAGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACC > NC_000913/1038241‑1038536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |