| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,410,941 | C→A | 7.0% | intergenic (+57/+72) | dbpA → / ← ttcA | ATP‑dependent RNA helicase DbpA/tRNA cytosine(32) 2‑sulfurtransferase TtcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,410,941 | 0 | C | A | 7.0% | 319.1 / 7.7 | 97 | intergenic (+57/+72) | dbpA/ttcA | ATP‑dependent RNA helicase DbpA/tRNA cytosine(32) 2‑sulfurtransferase TtcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/50); new base A (4/3); total (44/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GTCAGGCTGTTGCTCATAAAGCATGGAAACAGTTACAGGGCGGGAAGATTAAAGGAAAAACGTGCCGGGTGCGGTTATTAAAATAATGAAATGTTGAATTGCCGGGTGCAAGAGTAAACATCTTATTCGGGATTGCCGGATGCGACGCTGGCCGCGTCTTATCCGGC‑CTCCATAAGAGTAGCCCGATACGCTTGCGCATCGGGCGCTATCCTGGTTATTTCACTTCAACCACATTCAGCCGTAACTCATCCAACTGATTTTCATCTTCTTCTGGCTGCCAGCACGCCGGTTG > NC_000913/1410799‑1411090 | gTCAGGCTGTTGCTCATAAAGCATGGAAACAGTTACAGGGCGGGAAGATTAAAGGAAAAACGTGCCGGGTGCGGTTATTAAAATAATGAAATGTTGAATTGCCGGGTGCAAGAGTAAACATCTTATTCGGGATTGCCGGATGCGACGCTg > 1:1097460/1‑150 (MQ=255) ggCTGTTGCTCATAAAGCATGGAAACAGTTACAGGGCGGGAAGATTAAAGGAAAAACGTGCCGGGTGCGGTTATTAAAATAATGAAATGTTGAATTGCCGGGTGCAAGAGTAAACATCTTATTCGGGATTGCCGGATGCGACGCTGGCcg > 1:1526224/1‑150 (MQ=255) cTGTTGCTCATAAAGCATGGAAACAGTTACAGGGCGGGAAGATTAAAGGAAAAACGTGCCGGGTGCGGTTATTAAAATAATGAAATGTTGAATTGCCGGGTGCAAGAGTAAACATCTTATTCGGGATTGCCGGATGCGACGCTGGCcgcg < 1:173444/150‑1 (MQ=255) 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ggATTGCCGGATGCGACGCTGGCCGCGTCTTATCCGGC‑CTCCATAAGAGTAGCCCGATACGCTTGCGCATCGGGCGCTATCCTGGTTATTTCACTTCAACCACATTCAGCCGTAACTCATCCAACTGATTTTCATCTTCTTCTGGCTGcc < 2:1066926/150‑1 (MQ=255) ggATTGCCGGATGCGACGCTGGCCGCGTCTTATCCGGC‑CTCCATAAGAGTAGCCCGATACGCTTGCGCATCGGGCGCTATCCTGGTTATTTCACTTCAACCACATTCAGCCGTAACTCATCCAACTGATTTTCATCTTCTTCTGGCTGcc < 2:816650/150‑1 (MQ=255) aTTGCCGGATGCGACGCTGGCCGCGTCTTATCCGGC‑CTCCATAAGAGTAGCCCGATACGCTTGCGCATCGGGCGCTATCCTGGTTATTTCACTTCAACCACATTCAGCCGTAACTCATCCAACTGATTTTCATCTTCTTCTGGCTGCCAg > 1:728121/1‑150 (MQ=255) aggCCGGATAAGACGCGGCCAGCGTCGCATCCGGC‑CTCCATAAGAGTAGCCCGATACGCTTGCGCATCGGGCGCTATCCTGGTTATTTCACTTCAACCACATTCAGCCGTAACTCATCCAACTGATTTTCATCTTCTTCTGGCTGCCAGc > 2:1213280/3‑150 (MQ=255) aggCCGGATAAGACGCGGCCAGCGTCGCATCCGGC‑CTCCATAAGAGTAGCCCGATACGCTTGCGCATCGGGCGCTATCCTGGTTATTTCACTTCAACCACATTCAGCCGTAACTCATCCAACTGATTTTCATCTTCTTCTGGCTGCCAGc > 1:559196/3‑150 (MQ=255) 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cGACGCTGGCCGCGTCTTATCCGGC‑CTCCATAAGAGTAGCCCGATACGCTTGCGCATCGGGCGCTATCCTGGTTATTTCACTTAAACCACATTCAGCCGTAACTCATCCAACTGATTTTCATCTTCTTCTGGCTGCCAGCACGCCGGTTg > 2:1357957/1‑150 (MQ=255) | GTCAGGCTGTTGCTCATAAAGCATGGAAACAGTTACAGGGCGGGAAGATTAAAGGAAAAACGTGCCGGGTGCGGTTATTAAAATAATGAAATGTTGAATTGCCGGGTGCAAGAGTAAACATCTTATTCGGGATTGCCGGATGCGACGCTGGCCGCGTCTTATCCGGC‑CTCCATAAGAGTAGCCCGATACGCTTGCGCATCGGGCGCTATCCTGGTTATTTCACTTCAACCACATTCAGCCGTAACTCATCCAACTGATTTTCATCTTCTTCTGGCTGCCAGCACGCCGGTTG > NC_000913/1410799‑1411090 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |