| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 238,146 | T→C | 8.9% | intergenic (+26/+111) | yafT → / ← ykfM | lipoprotein YafT/uncharacterized protein YkfM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 238,146 | 0 | T | C | 8.9% | 492.1 / 29.0 | 170 | intergenic (+26/+111) | yafT/ykfM | lipoprotein YafT/uncharacterized protein YkfM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (97/57); new base C (11/4); total (109/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TTCCACCATTGCCCGACAAGAATGAAGCCAGTACGACTGATATGACAGAGCAGCAAATCATGCAACTTAAGCAAAAGACCTATAAAGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAATTTCTGGCGGCAATAATACAAAATTCTTTGCATAAGAAATTTTTCTTGACAAAGACAGTGCAAGAAAGGACATGGAATCCGGAGTTAAAAACTGTTTGTTTTAGAATATTTAATTATTTAACTGCTGAATCTTCCTTGCGAGAAATATATCC > NC_000913/237999‑238295 | ttCCACCATTGCCCGACAAGAATGAAGCCAGTACGACTGATATGACAGAGCAGCAAATCATGCAACTTAAGCAAAAGACCTATAAAGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAATTTCt > 1:932397/1‑150 (MQ=255)ttCCACCATTGCCCGACAAGAATGAAGCCAGTACGACTGATATGACAGAGCAGCAAATCATGCAACTTAAGCAAAAGACCTATAAAGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAATTTCt < 1:1629715/150‑1 (MQ=255) caccaTTGCCCGACAAGAATGAAGCCAGTACGACTGATATGACAGAGCAGCAAATCATGCAACTTAAGCAAAAGACCTATAAAGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAATTTCTggc < 1:1590065/150‑1 (MQ=255) 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ataAAGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAATTTCTGGCGGCAATAATACAAAATTCTTTGCATAAGAAATTTTTCTTGACAAAGACAGTGCAAGAAAGGACATGGAATCCGGAGtt > 2:1064631/1‑150 (MQ=255) ataAAGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAATTTCTGGCGGCAATAATACAAAATTCTTTGCATAAGAAATTTTTCTTGACAAAGACAGTGCAAGAAAGGACATGGAATCCGGAGtt > 2:1526384/1‑150 (MQ=255) aaaGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAATTTCTGGCGGCAATAATACAAAATTCTTTGCATAAGAAATTTTTCTTGACAAAGACAGTGCAAGAAAGGACATGGAATCCGGAGTTaa > 1:1256884/1‑150 (MQ=255) aaGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAATTTCTGGCGGCAATAATACAAAATTCTTTGCATAAGAAATTTTTCTTGACAAAGACAGTGCAAGAAAGGACATGGAATCCGGAGTTaaa > 1:1012270/1‑150 (MQ=255) aGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAATTTCTGGCGGCAATAATACAAAATTCTTTGCATAAGAAATTTTTCTTGACAAAGACAGTGCAAGAAAGGACATGGAATCCGGAGTTaaaa > 1:1265633/1‑150 (MQ=255) 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TTCCACCATTGCCCGACAAGAATGAAGCCAGTACGACTGATATGACAGAGCAGCAAATCATGCAACTTAAGCAAAAGACCTATAAAGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAATTTCTGGCGGCAATAATACAAAATTCTTTGCATAAGAAATTTTTCTTGACAAAGACAGTGCAAGAAAGGACATGGAATCCGGAGTTAAAAACTGTTTGTTTTAGAATATTTAATTATTTAACTGCTGAATCTTCCTTGCGAGAAATATATCC > NC_000913/237999‑238295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |