Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,643,735 | T→G | 5.6% | L190F (TTA→TTC) ‡ | ydfU ← | Qin prophage; protein YdfU |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,643,735 | 0 | T | G | 5.6% | 282.9 / 7.8 | 89 | L190F (TTA→TTC) ‡ | ydfU | Qin prophage; protein YdfU |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/43); new base G (3/2); total (44/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 |
ACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCACCCATGCTG > NC_000913/1643586‑1643880 | accGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGt < 1:626445/150‑1 (MQ=255) ccGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATACTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTa < 2:47506/150‑1 (MQ=255) cGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTaa < 1:221621/150‑1 (MQ=255) tCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGc < 2:1380091/150‑1 (MQ=255) tCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTGGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGc < 2:1492436/150‑1 (MQ=255) ccTTTGGTTATTTTTGTTGCTGGTTTTCGTAATGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCg < 2:1563415/150‑1 (MQ=255) ccTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCg > 1:58124/1‑150 (MQ=255) ccTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCg < 2:127047/150‑1 (MQ=255) gtggtgATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAac < 1:3831/150‑1 (MQ=255) gtggtgATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGGATTACCAGCggaa < 2:655884/150‑4 (MQ=255) gtggtgATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGGATTACCAGCggaa < 1:222715/150‑4 (MQ=255) gtgATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAacgac > 1:857869/1‑150 (MQ=255) gATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGAcgc > 1:975159/1‑150 (MQ=255) tgttgCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACa < 2:1655382/150‑1 (MQ=255) tgttgCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACa < 1:208265/150‑1 (MQ=255) tgttgCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACa < 1:988660/150‑1 (MQ=255) tgttgCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACa < 2:58124/150‑1 (MQ=255) gttgCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAg > 1:700102/1‑150 (MQ=255) 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tggGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGt < 1:1124555/150‑1 (MQ=255) tggGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGt > 2:190036/1‑150 (MQ=255) gggCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTa > 1:1085939/1‑150 (MQ=255) cGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTg > 1:235477/1‑150 (MQ=255) gTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGc < 2:1134146/150‑1 (MQ=255) tAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCa < 2:241278/150‑1 (MQ=255) tAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCa > 1:661131/1‑150 (MQ=255) aGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATc > 2:358918/1‑150 (MQ=255) ggCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAg < 2:176483/133‑1 (MQ=255) ggCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAg > 1:176483/1‑133 (MQ=255) 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gTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACg < 2:1376682/150‑1 (MQ=255) cacCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGAt > 2:531564/1‑150 (MQ=255) acCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATg < 1:1521849/150‑1 (MQ=255) gAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTATTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACg < 1:567143/150‑1 (MQ=255) gAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACg < 2:975159/150‑1 (MQ=255) cAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCa > 2:197672/1‑150 (MQ=255) ttttttCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCa > 1:950017/1‑150 (MQ=255) gttcGCTGGGATTACCAGCGGACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCATACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCACCCa > 1:1062851/4‑150 (MQ=255) gttcGCTGGGATTACCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCACCCa > 2:1320609/4‑150 (MQ=255) gttcGCTGGGATTACCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCACCCa > 1:598157/4‑150 (MQ=255) ccGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCACCCATg > 2:116694/1‑150 (MQ=255) cTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCACCCATGCTg < 1:1242938/150‑1 (MQ=255) | ACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCACCCATGCTG > NC_000913/1643586‑1643880 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |