Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,825,938 | A→C | 5.1% | intergenic (‑313/+17) | spy ← / ← astE | ATP‑independent periplasmic chaperone/succinylglutamate desuccinylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,825,938 | 0 | A | C | 5.1% | 359.3 / 6.9 | 112 | intergenic (‑313/+17) | spy/astE | ATP‑independent periplasmic chaperone/succinylglutamate desuccinylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/55); new base C (4/2); total (55/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGGTGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTGTATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGATTTCTGCGGGTAAGTATTAGCTTATTTTTTCGAGCATTAATCCCGCGCGTAATCCCAACGCTACCAACGGATTAGGGAATAACACATACTCTACATCATGGGTTACGGTAAAACGTTCCTCTCCGTCCTGCGCCAGCAATGTTCCTTTC > NC_000913/1825791‑1826087 | tGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGGTGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTGTATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGAtt < 1:1046382/150‑1 (MQ=255) tGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGGTGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTGTATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGAtt < 1:772253/150‑1 (MQ=255) tGGAGAGTTATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGGTGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTGTATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGATTTCt < 2:720436/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) | TGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGGTGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTGTATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGATTTCTGCGGGTAAGTATTAGCTTATTTTTTCGAGCATTAATCCCGCGCGTAATCCCAACGCTACCAACGGATTAGGGAATAACACATACTCTACATCATGGGTTACGGTAAAACGTTCCTCTCCGTCCTGCGCCAGCAATGTTCCTTTC > NC_000913/1825791‑1826087 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |