Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,128,799 | T→A | 5.6% | T30T (ACA→ACT) | wcaF ← | putative acyl transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,128,799 | 0 | T | A | 5.6% | 314.8 / 3.9 | 96 | T30T (ACA→ACT) | wcaF | putative acyl transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/58); new base A (4/2); total (36/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACG > NC_000913/2128651‑2128945 | cccACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATAttg > 1:493059/1‑150 (MQ=255) ccACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATAttgt < 1:1050917/150‑1 (MQ=255) ccACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATAttgt < 2:503789/150‑1 (MQ=255) 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gtgGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCg < 2:404994/150‑1 (MQ=255) ggCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGGCGCCGCGGAACCCTTTCGGGACCTAGAAACCTCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTc < 1:354676/150‑1 (MQ=255) ggCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTc < 1:102266/150‑1 (MQ=255) cagtacAGGCAACAATATTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCt > 1:829554/6‑150 (MQ=255) gACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCttt < 1:770399/150‑1 (MQ=255) 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> 1:918561/1‑150 (MQ=255) tatTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCACTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACg < 2:493059/150‑1 (MQ=255) | CCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACG > NC_000913/2128651‑2128945 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |