| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 357,156 | T→A | 5.5% | L329Q (CTG→CAG) | codA → | cytosine/isoguanine deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 357,156 | 0 | T | A | 5.5% | 287.6 / 4.9 | 90 | L329Q (CTG→CAG) | codA | cytosine/isoguanine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/44); new base A (2/3); total (43/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
ATATTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGGAAACAGCGCCAACCTGATT > NC_000913/357009‑357304 | atatTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATAtgctgc > 1:1537352/1‑150 (MQ=255)atatTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATAtgctgc < 2:658134/150‑1 (MQ=255) ttCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAg < 1:33354/150‑1 (MQ=255) ttCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAg > 2:594559/1‑150 (MQ=255) ttCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAg < 1:1389319/150‑1 (MQ=255) cATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGtg > 2:528799/1‑150 (MQ=255) cATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGtg > 2:828090/1‑150 (MQ=255) aTCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATAtgctgc < 2:1531690/144‑1 (MQ=255) aTCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATAtgctgc > 1:1531690/1‑144 (MQ=255) cTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGtgctg < 1:785657/150‑1 (MQ=255) cTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGtgctg < 1:1615485/150‑1 (MQ=255) cTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGtgctg < 2:1303357/150‑1 (MQ=255) tGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTTGGAACGGCGAATATGCTGCAAGtgctgc < 2:222561/150‑1 (MQ=255) 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gTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTg < 2:1503410/150‑1 (MQ=255) tATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGc > 2:684286/1‑150 (MQ=255) ccAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAg > 2:639067/1‑150 (MQ=255) cAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTACTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGt > 1:189006/1‑150 (MQ=255) aaaaCGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGtt > 2:80588/1‑150 (MQ=255) 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tCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAgg > 1:1221714/1‑150 (MQ=255) tCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCATGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGAtt > 2:1118009/1‑150 (MQ=255) cGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGTTATACTTTTATATTAATTATGGCCTGAATTTAATCAACCACGACAGAGAAAGGAAGTTTAATTTGCAGGATTa < 2:787578/150‑1 (MQ=255) cGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCa < 2:994406/150‑1 (MQ=255) gCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCgg > 1:404073/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |