| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,438,862 | A→G | 5.8% | T305A (ACG→GCG) | flk → | putative flagella assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,438,862 | 0 | A | G | 5.8% | 321.4 / 7.1 | 104 | T305A (ACG→GCG) | flk | putative flagella assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/47); new base G (2/4); total (53/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAAT > NC_000913/2438714‑2439011 | ccAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGacac > 2:412647/1‑150 (MQ=255) aGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGt < 1:829452/150‑1 (MQ=255) gCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGtt < 2:1428720/150‑1 (MQ=255) cAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTg > 2:1292147/1‑150 (MQ=255) cAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTg < 1:849218/150‑1 (MQ=255) aaaaTATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCa > 1:173864/1‑150 (MQ=255) ggTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATg < 1:1453932/150‑1 (MQ=255) gTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATgg < 1:202555/150‑1 (MQ=255) tttCTGCGAAATAATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGCATTGATCCGCGTCTTATGCAACAGCTGCTTAATCCTTTTCCACCCATGATGGACAAGTTGCAAAATATGGCaa > 2:1319358/1‑150 (MQ=255) gcgcAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGt > 2:1405114/1‑150 (MQ=255) gcgcAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGt > 1:18934/1‑150 (MQ=255) cgcAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACGCGTTGCCATATTTTGCAACGTGTc < 2:1645999/150‑1 (MQ=255) cgcAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACGCGTTGCCATATTTTGCAACGTGTc < 2:931197/150‑1 (MQ=255) 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aaTCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCAcc > 2:114331/1‑150 (MQ=255) aTCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCg > 1:1246096/1‑150 (MQ=255) aTCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCg > 1:321894/1‑150 (MQ=255) ccTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCa < 1:1292147/150‑1 (MQ=255) ccTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCa > 2:922106/1‑150 (MQ=255) cGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGccc < 1:1034455/150‑1 (MQ=255) gatgatGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGcccc > 2:822191/1‑150 (MQ=255) cgggACGCGTTGCCATATTTTGCAACGTGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCa > 1:1224115/3‑150 (MQ=255) cgggACGCGTTGCCATATTTTGCAACGTGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCa > 2:1114057/3‑150 (MQ=255) ggACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATTGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAg > 1:1119354/1‑150 (MQ=255) 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CCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAAT > NC_000913/2438714‑2439011 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |