| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,449,201 | A→T | 10.0% | intergenic (+44/+27) | smrB → / ← yfcO | putative endonuclease SmrB/DUF2544 domain‑containing protein YfcO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,449,201 | 0 | A | T | 10.0% | 252.1 / 14.1 | 87 | intergenic (+44/+27) | smrB/yfcO | putative endonuclease SmrB/DUF2544 domain‑containing protein YfcO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/39); new base T (7/2); total (46/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCCGCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGATTTGGCG > NC_000913/2449052‑2449349 | tCCGCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGa > 1:655997/1‑150 (MQ=255)tCCGCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGa < 2:78633/150‑1 (MQ=255)tCCGCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGa > 2:1092102/1‑150 (MQ=255)tCCGCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGa > 2:1639209/1‑150 (MQ=255) cGCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAAt < 2:523893/150‑1 (MQ=255) gATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCATTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCcctg > 2:152353/1‑150 (MQ=255) tGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCcctgcc < 1:1207161/150‑1 (MQ=255) tGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCcctgcc < 2:826873/150‑1 (MQ=255) ccTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTgg > 1:915908/1‑150 (MQ=255) ccTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCATTCGCCcctgccatt < 2:343800/150‑4 (MQ=255) ttCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGTGTGGCTGCGGCCGGAGTTGCCCTTAGGATTTGATCGCGTTGCGCGAGGTACGGGTAATTGGAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGgtgt < 2:286718/150‑1 (MQ=255) tcatgaGTCAGCTAAATATTATGGCGGTTATTCGGCGTTGTTTGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGGCCTGAGTAGTTGAGCGCGTTGGGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGTATGCCCCTGCGTGGTGTa < 2:584784/150‑1 (MQ=255) tcatcaGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTa > 1:584004/1‑150 (MQ=255) tcaGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCt > 1:299571/1‑150 (MQ=255) aGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTaa < 2:1031276/150‑1 (MQ=255) cACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAggg < 2:711306/150‑1 (MQ=255) cACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAggg > 2:1400431/1‑150 (MQ=255) cACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCCTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAggg < 1:152353/150‑1 (MQ=255) aCCAAAATAGTATGGCGGTGATGCGTCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGATGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCGCTGAGGTGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTAGGGGTTATGGGAGGGGGGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGc < 1:1372003/150‑1 (MQ=255) aCCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGc < 1:1474000/150‑1 (MQ=255) aCCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGc < 1:1092102/150‑1 (MQ=255) ccAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCt > 1:996036/1‑150 (MQ=255) cAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTa > 1:460623/1‑150 (MQ=255) 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ggTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTa < 2:1165672/150‑1 (MQ=255) tGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTAc > 2:969635/1‑150 (MQ=255) gcggcgTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGGTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACt < 2:465088/150‑1 (MQ=255) ggcgTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGTGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTgg < 2:1017166/150‑1 (MQ=255) ggcgTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTgg < 2:40684/150‑1 (MQ=255) gcgTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCTAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGa < 2:843820/150‑1 (MQ=255) gttgttGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAAc < 2:161539/150‑1 (MQ=255) gttgGTGTAGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCgg > 1:644499/1‑150 (MQ=255) ggTGTTGATTGAACTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCaa > 2:1157659/1‑150 (MQ=255) gtgtTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAg < 2:1112369/150‑1 (MQ=255) ggtTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGt < 2:614877/149‑1 (MQ=255) gtTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTa > 2:231261/1‑150 (MQ=255) gtTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTa > 1:1264680/1‑150 (MQ=255) ttgattgaAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTac > 1:514278/1‑149 (MQ=255) ttgaAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGCCAAGTAGAATc > 1:1087173/1‑150 (MQ=255) 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ccgccgGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTgg < 1:1235786/150‑1 (MQ=255) cgccgGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGt < 2:414024/150‑1 (MQ=255) cgccgGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGt < 1:1639209/150‑1 (MQ=255) ccgGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTAt > 1:906228/1‑150 (MQ=255) gTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAaca > 2:150006/1‑150 (MQ=255) 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ccaggCAGGGGCATTCGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGgt > 1:236750/4‑150 (MQ=255) caggCAGGGGCATTCGCCCATGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCACTATTTAATAGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGAATACTGCTGGTATCAACACGCACGACAATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGgtg > 2:1172067/3‑150 (MQ=255) aTGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGgtg > 1:414626/1‑150 (MQ=255) tGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGgtgt > 1:604050/1‑150 (MQ=255) aggCAGGGGCATTCGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGgtgt > 1:279877/2‑150 (MQ=255) ggCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTc > 1:1449974/1‑150 (MQ=255) cAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGACCCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAAGTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGa > 1:1099927/1‑150 (MQ=255) cAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGa > 1:599205/1‑150 (MQ=255) cAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGa > 1:1306643/1‑150 (MQ=255) cAGGGGCGAAGGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGa < 1:552578/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |